More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2555 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  100 
 
 
314 aa  620  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  75.86 
 
 
313 aa  456  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  86.82 
 
 
315 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  74.84 
 
 
313 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  78.66 
 
 
311 aa  444  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  75.3 
 
 
328 aa  434  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  73.02 
 
 
309 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  67.85 
 
 
305 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  84.85 
 
 
313 aa  411  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.75 
 
 
328 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  66.67 
 
 
283 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  66.67 
 
 
283 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  73.23 
 
 
295 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  64.81 
 
 
287 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  72.47 
 
 
331 aa  366  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  62.58 
 
 
312 aa  358  8e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  64.03 
 
 
300 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  70.28 
 
 
303 aa  350  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  69.23 
 
 
299 aa  350  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  70.21 
 
 
293 aa  346  3e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  59.25 
 
 
310 aa  332  4e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  59.74 
 
 
304 aa  332  4e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  60.47 
 
 
304 aa  330  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  59.64 
 
 
283 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.27 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.07 
 
 
304 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  55.28 
 
 
311 aa  285  5e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  47.98 
 
 
283 aa  247  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.21 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.21 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.98 
 
 
279 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  45.63 
 
 
297 aa  239  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.09 
 
 
277 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.09 
 
 
277 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.44 
 
 
297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.98 
 
 
256 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.74 
 
 
285 aa  232  5e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.99 
 
 
298 aa  232  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.72 
 
 
279 aa  232  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  42.64 
 
 
304 aa  232  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.74 
 
 
285 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.12 
 
 
311 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.3 
 
 
281 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.89 
 
 
286 aa  229  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.68 
 
 
297 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.53 
 
 
288 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  46.29 
 
 
272 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  46.75 
 
 
295 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.16 
 
 
280 aa  226  4e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.79 
 
 
279 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  47.03 
 
 
279 aa  225  8e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.28 
 
 
280 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.35 
 
 
279 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.9 
 
 
279 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.34 
 
 
280 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.19 
 
 
282 aa  222  6e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  44.76 
 
 
273 aa  221  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  45.58 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.59 
 
 
279 aa  219  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  45.58 
 
 
279 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.71 
 
 
280 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.71 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.58 
 
 
279 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  48.1 
 
 
288 aa  215  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  45.96 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  48.33 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.93 
 
 
286 aa  212  7e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.24 
 
 
295 aa  212  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  46.3 
 
 
279 aa  211  9e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.32 
 
 
279 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.02 
 
 
279 aa  209  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  42.08 
 
 
278 aa  206  4e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.36 
 
 
280 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  46.44 
 
 
279 aa  205  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  43.27 
 
 
263 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  31.96 
 
 
337 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  34.38 
 
 
321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  34.38 
 
 
321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
320 aa  160  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  33 
 
 
349 aa  155  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  30.28 
 
 
360 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
330 aa  152  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 
315 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
356 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.79 
 
 
332 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.53 
 
 
319 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  25.86 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.08 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0099  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter inner membrane protein  32.64 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291864  normal  0.355691 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1968  nitrate ABC transporter, permease component  30.04 
 
 
377 aa  126  6e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.52047  normal  0.211755 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
314 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.82677  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
275 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
275 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.133303 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
273 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>