More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3523 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 309 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  80.99 
 
 		 315 aa  432  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  72.01 
 
 		 313 aa  431  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  71.7 
 
 		 313 aa  428  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  73.02 
 
 		 314 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  75.32 
 
 		 311 aa  421  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  72.87 
 
 		 328 aa  411  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  68.95 
 
 		 305 aa  409  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  86.43 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  73.39 
 
 		 331 aa  371  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  71.94 
 
 		 328 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  66.43 
 
 		 287 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  66.08 
 
 		 283 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  71.03 
 
 		 283 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  71.65 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  63.51 
 
 		 303 aa  354  8.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  70.28 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  66.78 
 
 		 312 aa  348  5e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  68.75 
 
 		 293 aa  348  5e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  63.38 
 
 		 299 aa  348  9e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  61.62 
 
 		 304 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.35 
 
 		 298 aa  334  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  62.72 
 
 		 310 aa  334  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  60.61 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.45 
 
 		 283 aa  329  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  71.61 
 
 		 304 aa  322  5e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.23 
 
 		 311 aa  277  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.87 
 
 		 280 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.2 
 
 		 279 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.87 
 
 		 280 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  48.09 
 
 		 283 aa  245  6e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.88 
 
 		 277 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.88 
 
 		 277 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.19 
 
 		 285 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.19 
 
 		 285 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  46.43 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.44 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.69 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  42.69 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 		 280 aa  231  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.89 
 
 		 282 aa  229  5e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.38 
 
 		 288 aa  228  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.98 
 
 		 256 aa  228  1e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.78 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.31 
 
 		 279 aa  226  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  45.85 
 
 		 272 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.53 
 
 		 281 aa  226  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  44.8 
 
 		 273 aa  226  4e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  47.79 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.88 
 
 		 279 aa  225  8e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.67 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.46 
 
 		 279 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.61 
 
 		 279 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 		 280 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.28 
 
 		 280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  47.86 
 
 		 279 aa  222  6e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  47.03 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  45.99 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.93 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  48.28 
 
 		 287 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  46.61 
 
 		 279 aa  220  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.61 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.67 
 
 		 286 aa  219  5e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  45.02 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.19 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  46.32 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.19 
 
 		 280 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 		 279 aa  211  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.69 
 
 		 280 aa  211  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.61 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  46.18 
 
 		 263 aa  208  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  44.12 
 
 		 278 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  42.64 
 
 		 279 aa  198  7.999999999999999e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  32.29 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 		 362 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  34.72 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  34.72 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  32.77 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  36.65 
 
 		 360 aa  149  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  34.9 
 
 		 349 aa  148  9e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.56 
 
 		 356 aa  146  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 		 329 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.11 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.56 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.14 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.9 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 		 273 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.59 
 
 		 271 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 		 273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 		 273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 		 269 aa  125  9e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>