More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1473 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
306 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.73 
 
 
305 aa  384  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.92 
 
 
319 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.23 
 
 
295 aa  374  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0673  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.01 
 
 
275 aa  262  4e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0666321  normal  0.331074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  51.8 
 
 
260 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
291 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.252204  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
291 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
291 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3160  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.13 
 
 
274 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.913146  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
291 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.51 
 
 
260 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
287 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0347715  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.6 
 
 
290 aa  222  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0425684  normal  0.379949 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.93 
 
 
283 aa  222  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.321257  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
314 aa  216  4e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
314 aa  205  9e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.82677  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4879  putative ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
263 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2218  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
290 aa  195  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0924  ABC transporter permease protein  40.89 
 
 
258 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0926  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  40.98 
 
 
274 aa  187  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
285 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.987071 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
269 aa  158  1e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
288 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.2 
 
 
280 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.76 
 
 
277 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.76 
 
 
277 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
253 aa  150  2e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
255 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
283 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.17 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  35.82 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  32.34 
 
 
273 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113651  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.62 
 
 
280 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.57 
 
 
310 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
292 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.367955 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
286 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
274 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
264 aa  143  3e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16930  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  33.11 
 
 
322 aa  143  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.327  normal  0.410158 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  32.8 
 
 
279 aa  143  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.29 
 
 
280 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
253 aa  142  7e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 
253 aa  142  8e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.93 
 
 
280 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.2 
 
 
331 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.76 
 
 
280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
256 aa  140  3e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  29.55 
 
 
304 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
277 aa  139  4.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.33 
 
 
297 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.35 
 
 
297 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 
273 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
288 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
273 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  29 
 
 
273 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.25 
 
 
266 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
279 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 
250 aa  136  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  33.03 
 
 
285 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  29.93 
 
 
305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
252 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.4 
 
 
279 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.57 
 
 
311 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  33.88 
 
 
299 aa  135  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  30.26 
 
 
278 aa  135  8e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1031  sulfonate ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  30.14 
 
 
295 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
279 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
283 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.15 
 
 
311 aa  133  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
279 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.67 
 
 
285 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.67 
 
 
285 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  28.92 
 
 
297 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.47 
 
 
279 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
280 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.88 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  36.36 
 
 
252 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.59 
 
 
304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.96 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1488  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.91 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106569  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.67 
 
 
286 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.11 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.45 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.65 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  28.88 
 
 
303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
283 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  29.39 
 
 
300 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  32.57 
 
 
272 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>