More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2104 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 283 aa  541  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  76.98 
 
 		 299 aa  381  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  70 
 
 		 295 aa  355  5e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  66.42 
 
 		 305 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.55 
 
 		 283 aa  348  7e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.55 
 
 		 283 aa  348  7e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  68.72 
 
 		 287 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  68.08 
 
 		 312 aa  346  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.23 
 
 		 331 aa  344  8e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  70.51 
 
 		 293 aa  341  7e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  65.76 
 
 		 300 aa  332  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  64.52 
 
 		 304 aa  330  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  67.34 
 
 		 303 aa  328  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  64.13 
 
 		 304 aa  328  8e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  64.84 
 
 		 313 aa  326  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  62.55 
 
 		 315 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  68.7 
 
 		 313 aa  326  3e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.11 
 
 		 298 aa  324  8.000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  67.9 
 
 		 310 aa  324  8.000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  68.07 
 
 		 313 aa  318  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  59.64 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.45 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  70.51 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.53 
 
 		 311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  66.22 
 
 		 328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  66.09 
 
 		 328 aa  301  6.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  56.25 
 
 		 311 aa  293  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 		 277 aa  239  5e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 		 277 aa  239  5e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  53.81 
 
 		 283 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.13 
 
 		 282 aa  231  9e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.83 
 
 		 280 aa  229  4e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.58 
 
 		 279 aa  228  8e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.39 
 
 		 280 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.39 
 
 		 280 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.98 
 
 		 279 aa  227  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.59 
 
 		 256 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  43.25 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.37 
 
 		 280 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  46.26 
 
 		 272 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.3 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.9 
 
 		 280 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.15 
 
 		 279 aa  218  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.85 
 
 		 297 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.69 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  45.54 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  49.09 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.09 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  47.56 
 
 		 263 aa  214  9e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  41.85 
 
 		 279 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.81 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.49 
 
 		 279 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.29 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  46.25 
 
 		 273 aa  212  5.999999999999999e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  45.34 
 
 		 279 aa  211  9e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.89 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.73 
 
 		 281 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.49 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.21 
 
 		 285 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  48.02 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.21 
 
 		 285 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.1 
 
 		 288 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.21 
 
 		 286 aa  208  6e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  41.32 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  47.83 
 
 		 288 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  45.76 
 
 		 278 aa  205  6e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.25 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.27 
 
 		 279 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.61 
 
 		 286 aa  201  8e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  45.41 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  44.81 
 
 		 279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.06 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.37 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  40.81 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.95 
 
 		 280 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 		 362 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  33.11 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  32.47 
 
 		 360 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  34.84 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  34.84 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 		 356 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 		 323 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 		 252 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  30.66 
 
 		 349 aa  143  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  37.02 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.4 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0099  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter inner membrane protein  35.6 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291864  normal  0.355691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.07 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 		 254 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 		 288 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 		 275 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 		 275 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.133303 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 		 252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 		 266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>