More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2732 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 304 aa  593  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  96.71 
 
 		 304 aa  552  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  76.13 
 
 		 310 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  76.14 
 
 		 304 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  77.78 
 
 		 298 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  78.52 
 
 		 293 aa  391  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  65.85 
 
 		 305 aa  363  1e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  68.66 
 
 		 283 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  66.67 
 
 		 299 aa  355  6.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  66.67 
 
 		 287 aa  354  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  68.28 
 
 		 283 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  66.8 
 
 		 315 aa  346  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  63.64 
 
 		 312 aa  346  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  64.13 
 
 		 283 aa  346  4e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  68.38 
 
 		 295 aa  345  5e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  70.45 
 
 		 331 aa  341  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  61.62 
 
 		 309 aa  338  4e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  60.47 
 
 		 314 aa  333  2e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  59.87 
 
 		 313 aa  333  3e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  71.14 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  62.86 
 
 		 313 aa  332  6e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  67.83 
 
 		 300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  61.13 
 
 		 311 aa  324  9e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  70.59 
 
 		 313 aa  322  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  67.23 
 
 		 328 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.57 
 
 		 328 aa  309  4e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.9 
 
 		 311 aa  271  9e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.04 
 
 		 256 aa  237  2e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.8 
 
 		 279 aa  235  7e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.01 
 
 		 280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.01 
 
 		 280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  51.28 
 
 		 283 aa  229  4e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  45.22 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.15 
 
 		 280 aa  227  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.99 
 
 		 277 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.99 
 
 		 277 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.03 
 
 		 282 aa  225  7e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.83 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  51.42 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  46.46 
 
 		 272 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.91 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.7 
 
 		 280 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.58 
 
 		 279 aa  220  3e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.22 
 
 		 279 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.88 
 
 		 281 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  44.03 
 
 		 279 aa  219  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.4 
 
 		 280 aa  218  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.22 
 
 		 279 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  43.09 
 
 		 273 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  49.07 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  47.97 
 
 		 263 aa  212  7e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.02 
 
 		 295 aa  211  9e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  39.58 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.4 
 
 		 288 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  51.55 
 
 		 279 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.24 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  47.32 
 
 		 279 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.78 
 
 		 279 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.41 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.25 
 
 		 285 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.8 
 
 		 286 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.39 
 
 		 285 aa  205  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  44.1 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  43.63 
 
 		 278 aa  202  4e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.58 
 
 		 279 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.35 
 
 		 280 aa  201  9e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.35 
 
 		 280 aa  201  9e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.6 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 		 279 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  44.19 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  42.15 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  40 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  40.1 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  38.29 
 
 		 360 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  38.76 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  38.92 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  38.94 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 		 323 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  38.94 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.1 
 
 		 356 aa  149  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 		 329 aa  148  9e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.34 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 		 253 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.69 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0034  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.37 
 
 		 276 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0099  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter inner membrane protein  35.57 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291864  normal  0.355691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  32.89 
 
 		 260 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2132  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  32.8 
 
 		 262 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.252204  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>