More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2416 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
329 aa  658    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  80.6 
 
 
349 aa  503  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  66.13 
 
 
315 aa  428  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.43 
 
 
323 aa  429  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  67.33 
 
 
321 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  67.33 
 
 
321 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.69 
 
 
320 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.99 
 
 
330 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.67 
 
 
332 aa  389  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  64.83 
 
 
337 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  63.07 
 
 
360 aa  374  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.81 
 
 
362 aa  374  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.24 
 
 
356 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1968  nitrate ABC transporter, permease component  49.24 
 
 
377 aa  249  4e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.52047  normal  0.211755 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.13 
 
 
279 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.51 
 
 
279 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.98 
 
 
286 aa  166  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  40.98 
 
 
295 aa  165  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.09 
 
 
280 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  44 
 
 
283 aa  164  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.48 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  41.95 
 
 
287 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.5 
 
 
280 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.5 
 
 
280 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  39.61 
 
 
279 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  38.65 
 
 
279 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  36.07 
 
 
272 aa  162  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.97 
 
 
282 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.65 
 
 
279 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  34.57 
 
 
288 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  33.22 
 
 
273 aa  159  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.68 
 
 
279 aa  158  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.16 
 
 
279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.86 
 
 
281 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.61 
 
 
283 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.68 
 
 
279 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.93 
 
 
293 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  35.78 
 
 
279 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.2 
 
 
279 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  32.21 
 
 
299 aa  150  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
279 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.19 
 
 
277 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.19 
 
 
277 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.55 
 
 
256 aa  149  9e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  32.3 
 
 
278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  31.4 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  32.88 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.6 
 
 
280 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
311 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  33.45 
 
 
297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.09 
 
 
331 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.61 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  32.07 
 
 
279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.56 
 
 
280 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.36 
 
 
280 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.4 
 
 
286 aa  144  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.04 
 
 
285 aa  144  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.04 
 
 
285 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.76 
 
 
315 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.72 
 
 
280 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.81 
 
 
297 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.83 
 
 
288 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  33.68 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.45 
 
 
283 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  36.45 
 
 
287 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.45 
 
 
283 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  39.8 
 
 
263 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  31.39 
 
 
314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.78 
 
 
298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  30.43 
 
 
304 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.82 
 
 
304 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.51 
 
 
297 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.17 
 
 
280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  36.14 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.82 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.82 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  37.82 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.82 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.82 
 
 
298 aa  133  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 
313 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 
313 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.34 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.75 
 
 
279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  37.1 
 
 
300 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  37.1 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
313 aa  129  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  32.52 
 
 
299 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
252 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.98 
 
 
261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
251 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.660602 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
269 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0865715  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
251 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.554921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
251 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.606268  normal  0.873181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.44 
 
 
271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.5 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  32.54 
 
 
269 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.66 
 
 
319 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>