More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0276 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  100 
 
 
303 aa  597  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  84.82 
 
 
300 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  85.77 
 
 
287 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  79.51 
 
 
283 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  82.9 
 
 
283 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  74.19 
 
 
331 aa  378  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  74 
 
 
305 aa  374  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2146  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  72.31 
 
 
315 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  63.95 
 
 
295 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2832  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.22 
 
 
313 aa  363  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2321  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  64.55 
 
 
313 aa  361  8e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0831  nitrate transport permease  66.09 
 
 
312 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0203602 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3523  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.43 
 
 
309 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2273  nitrate transport permease  65.68 
 
 
299 aa  349  3e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2555  nitrate transport permease  63.07 
 
 
314 aa  345  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162104  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  69.2 
 
 
293 aa  343  2.9999999999999997e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  63.47 
 
 
283 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2376  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  78.03 
 
 
313 aa  339  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1413  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  75.34 
 
 
311 aa  336  2.9999999999999997e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2908  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  70.11 
 
 
298 aa  335  5.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.950821  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3268  nitrate transport permease  75.78 
 
 
328 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321419  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  66.91 
 
 
310 aa  333  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2732  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  65.82 
 
 
304 aa  325  5e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1542  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  68.08 
 
 
304 aa  324  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244375  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  74.44 
 
 
328 aa  323  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2496  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  73.62 
 
 
304 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.546285  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.25 
 
 
311 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.06 
 
 
256 aa  244  9e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.7 
 
 
280 aa  233  3e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.89 
 
 
297 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  45.39 
 
 
297 aa  230  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.79 
 
 
279 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.91 
 
 
280 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  51.5 
 
 
283 aa  228  7e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.07 
 
 
277 aa  225  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  43.07 
 
 
277 aa  225  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.36 
 
 
282 aa  224  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
280 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  46.67 
 
 
279 aa  223  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  43.82 
 
 
304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2171  nitrate transport permease  47.98 
 
 
272 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149943  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2503  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.56 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  48.66 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3486  nitrate ABC transporter permease protein  49.32 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.39 
 
 
280 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.39 
 
 
280 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1147  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.76 
 
 
279 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  47.77 
 
 
281 aa  218  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  51.22 
 
 
279 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1306  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  52.76 
 
 
279 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4662  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
279 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  45.21 
 
 
311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  50.24 
 
 
279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  41.82 
 
 
279 aa  216  5e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  49.27 
 
 
279 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3973  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.930991  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.93 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  39.93 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  43.67 
 
 
273 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3744  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  44.64 
 
 
288 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.441454  normal  0.10243 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50.24 
 
 
279 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0996  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
286 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1759  nitrate transport permease  40.8 
 
 
299 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.0125916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5011  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.23 
 
 
286 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312092  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  44.98 
 
 
279 aa  210  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3741  nitrate transport permease  48.08 
 
 
288 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4541  nitrate transport permease  44.36 
 
 
279 aa  206  4e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0291  nitrate transport permease  45.61 
 
 
287 aa  205  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  40.29 
 
 
280 aa  202  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4817  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  49.51 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.775678  hitchhiker  0.00263828 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  43.2 
 
 
279 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.56 
 
 
280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  40.94 
 
 
278 aa  200  3e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  42.56 
 
 
280 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  52.86 
 
 
263 aa  198  1.0000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
320 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  40.58 
 
 
321 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  40.58 
 
 
321 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
362 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  31.29 
 
 
315 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
323 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.72 
 
 
330 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  29.43 
 
 
349 aa  152  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2265  2-isopropylmalate synthase  31.19 
 
 
337 aa  149  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.20736  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0454985  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  31.21 
 
 
360 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.14 
 
 
332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
329 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.1 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
305 aa  133  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
319 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.89 
 
 
231 aa  130  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0324285  normal  0.0160388 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 
314 aa  130  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.82677  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0099  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter inner membrane protein  32.98 
 
 
277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291864  normal  0.355691 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  33.51 
 
 
273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  33.03 
 
 
283 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  33.03 
 
 
283 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>