More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2277 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
251 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.554921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.61 
 
 
251 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.606268  normal  0.873181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.61 
 
 
251 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.660602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2932  ABC transporter permease  81.27 
 
 
254 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34520  ABC transporter permease  81.27 
 
 
254 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.132889  normal  0.0672965 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0456  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  71.3 
 
 
285 aa  294  9e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0099  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter inner membrane protein  60.5 
 
 
277 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291864  normal  0.355691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1541  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  60.33 
 
 
281 aa  281  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.07 
 
 
275 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.19 
 
 
241 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.367586  normal  0.455347 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
275 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
275 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.133303 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2630  sulfonate ABC transporter, permease protein, putative  52.75 
 
 
266 aa  227  1e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.312135  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.94 
 
 
269 aa  221  7e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0865715  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
266 aa  211  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.136509 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0309  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.27 
 
 
277 aa  198  6e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.02 
 
 
285 aa  198  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.03471 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0034  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.51 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.96 
 
 
285 aa  196  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.21 
 
 
285 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2835  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
259 aa  146  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.62 
 
 
261 aa  145  8.000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
252 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0159  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.61 
 
 
271 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0640  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.65 
 
 
279 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.23 
 
 
311 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1129  taurine transport system permease protein TauC  35.38 
 
 
241 aa  137  2e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.774255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03653  putative nitrate ABC transporter, permease protein  35.55 
 
 
349 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
277 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  32.52 
 
 
283 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.5 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.52 
 
 
256 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
273 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
273 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 
252 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0620  taurine transport system permease protein TauC  32.19 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00071484  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  37.3 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2205  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.07 
 
 
280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
252 aa  129  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  31.8 
 
 
273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  29.84 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.941924  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  33.01 
 
 
272 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0233  ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  33.65 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  31.43 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.73 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.64 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1439  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.08 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.062597  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 
283 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1473  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.85 
 
 
306 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0411979  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 
283 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
330 aa  126  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283757  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2618  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  37.77 
 
 
279 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3315  putative nitrate ABC transporter, permease protein  34.12 
 
 
315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286795  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
288 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1679  ABC transporter permease  33.17 
 
 
274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2588  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  38.42 
 
 
279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171927 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  36.08 
 
 
273 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0329  nitrate transport permease  31.71 
 
 
300 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
273 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0924  ABC transporter permease protein  30.8 
 
 
258 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 
274 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.89 
 
 
282 aa  125  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
323 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  34.04 
 
 
260 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5414  putative nitrate ABC transporter (permease protein) (ntrB-like protein)  35.52 
 
 
279 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481789  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.19 
 
 
280 aa  124  1e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.25 
 
 
280 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001608  nitrate ABC transporter permease protein  34.5 
 
 
321 aa  123  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0963  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35.43 
 
 
281 aa  123  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.563275 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05589  hypothetical protein  34.5 
 
 
321 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2404  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  36.61 
 
 
279 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105129  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18130  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  35.59 
 
 
283 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1391  NO3-/NO2- ABC transporter  28.44 
 
 
305 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  32.81 
 
 
279 aa  123  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1900  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.47 
 
 
252 aa  123  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.128113  hitchhiker  0.000000000000910228 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0276  nitrate transport permease  31.02 
 
 
303 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.98 
 
 
283 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
255 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0448966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  35.68 
 
 
272 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  34.18 
 
 
262 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
277 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.69 
 
 
277 aa  122  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
319 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  34.18 
 
 
262 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
273 aa  122  8e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1664  putative ABC transporter permease protein  34.31 
 
 
360 aa  122  8e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453487  normal  0.0661868 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2055  nitrate transport permease  35.59 
 
 
279 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  30.15 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
280 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>