More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1734 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
252 aa  495  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1900  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  69.92 
 
 
252 aa  330  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.128113  hitchhiker  0.000000000000910228 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.23 
 
 
261 aa  246  4e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 
259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
252 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.23 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0448966  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
253 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0159  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
253 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0620  taurine transport system permease protein TauC  41.56 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00071484  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1129  taurine transport system permease protein TauC  40.74 
 
 
241 aa  181  1e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.774255  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0233  ABC transporter, permease protein  42.6 
 
 
241 aa  172  5.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
273 aa  171  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
277 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.12 
 
 
271 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1031  sulfonate ABC transporter, permease protein  38.02 
 
 
261 aa  170  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
273 aa  168  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
231 aa  168  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0324285  normal  0.0160388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
273 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
273 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.4 
 
 
274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2132  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  34.57 
 
 
262 aa  155  4e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
288 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
253 aa  152  4e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
254 aa  152  5e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
277 aa  152  7e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
285 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.987071 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
273 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
274 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  36.84 
 
 
273 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
279 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
277 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
254 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
279 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2630  sulfonate ABC transporter, permease protein, putative  38.03 
 
 
266 aa  148  8e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.312135  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  42.2 
 
 
269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  35.12 
 
 
283 aa  146  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  33.99 
 
 
273 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16930  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  36.65 
 
 
322 aa  146  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.327  normal  0.410158 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  35.02 
 
 
284 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  35.02 
 
 
284 aa  145  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
257 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  35.02 
 
 
284 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  34.56 
 
 
279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
269 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
286 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 
283 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
257 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  34.58 
 
 
273 aa  144  9e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  35.21 
 
 
253 aa  144  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 
253 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 
283 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 
283 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  35.71 
 
 
252 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 
285 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.8 
 
 
279 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
269 aa  144  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  33.33 
 
 
274 aa  143  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  38.18 
 
 
285 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
266 aa  142  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35 
 
 
277 aa  141  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
279 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1679  ABC transporter permease  35.68 
 
 
274 aa  141  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  33.64 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113651  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
269 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0865715  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  35.68 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  33.61 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  38.5 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0380  putative nitrate transmembrane ABC transporter protein  35 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.931268 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
283 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.0607956 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
289 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
260 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
283 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0236  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.87 
 
 
283 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0257  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  35 
 
 
283 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738144 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2787  ABC transporter, permease protein  33.19 
 
 
282 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0328614  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3842  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  34.17 
 
 
331 aa  137  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
281 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
255 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2104  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.89 
 
 
283 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0291571  normal  0.0240092 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  31.85 
 
 
304 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4495  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
285 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  37.07 
 
 
275 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
268 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2515  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.95 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.313862  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3160  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.78 
 
 
274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.913146  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  38.83 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  33.74 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  37.31 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
251 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.660602 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1837  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 
269 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.669476  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4958  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.19 
 
 
285 aa  135  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413837  normal  0.165118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>