More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2362 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
286 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.33 
 
 
285 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.42 
 
 
286 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.92 
 
 
286 aa  471  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.03 
 
 
285 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.24 
 
 
285 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.24 
 
 
285 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.38 
 
 
311 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.4 
 
 
285 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.47 
 
 
285 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.11 
 
 
285 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  74.02 
 
 
285 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.48 
 
 
285 aa  431  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.13 
 
 
285 aa  430  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.34 
 
 
285 aa  427  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.72 
 
 
285 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.09 
 
 
285 aa  404  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.14 
 
 
286 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.14 
 
 
286 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.01 
 
 
288 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  66.67 
 
 
288 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.72 
 
 
286 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.97 
 
 
288 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.59 
 
 
286 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.06 
 
 
285 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  60.49 
 
 
286 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.31 
 
 
292 aa  363  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.28 
 
 
288 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.99 
 
 
285 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.94 
 
 
300 aa  362  4e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.99 
 
 
285 aa  361  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.55 
 
 
280 aa  360  2e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.59 
 
 
285 aa  360  2e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
285 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.97 
 
 
285 aa  358  5e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.46 
 
 
298 aa  354  1e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
297 aa  341  9e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.01 
 
 
290 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.01 
 
 
290 aa  338  7e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.01 
 
 
290 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.01 
 
 
291 aa  333  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.99 
 
 
295 aa  333  2e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
295 aa  329  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5938  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  83.07 
 
 
206 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.48 
 
 
295 aa  325  6e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
298 aa  323  2e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.54 
 
 
292 aa  322  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
293 aa  322  5e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.51 
 
 
285 aa  316  2e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
293 aa  312  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.52 
 
 
297 aa  310  2e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  53.9 
 
 
297 aa  308  8e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
284 aa  305  7e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.42 
 
 
285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.39 
 
 
308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
339 aa  302  4.0000000000000003e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.48 
 
 
286 aa  300  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.23 
 
 
306 aa  300  2e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.48 
 
 
286 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.86 
 
 
333 aa  298  6e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
288 aa  298  8e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.04 
 
 
333 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
335 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
292 aa  294  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.06 
 
 
335 aa  294  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.54 
 
 
304 aa  292  4e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
287 aa  292  4e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  49.82 
 
 
291 aa  292  5e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.35 
 
 
284 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
284 aa  289  3e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  51.65 
 
 
286 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
301 aa  286  2e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
297 aa  287  2e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
298 aa  287  2e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.9 
 
 
307 aa  286  2e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.84 
 
 
340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
337 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.75 
 
 
293 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.19 
 
 
306 aa  285  5.999999999999999e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  51.79 
 
 
328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  50.89 
 
 
317 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1207  short chain dehydrogenase  51.79 
 
 
337 aa  283  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2905  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.88 
 
 
292 aa  282  5.000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.43 
 
 
284 aa  282  5.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  51.76 
 
 
294 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  49.65 
 
 
298 aa  280  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
335 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2584  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.88 
 
 
292 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
335 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.48 
 
 
285 aa  280  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  51.64 
 
 
296 aa  280  2e-74  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  51.41 
 
 
294 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  51.41 
 
 
294 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  51.41 
 
 
294 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  51.41 
 
 
294 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
287 aa  279  4e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
288 aa  278  5e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>