More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2307 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  588  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.66 
 
 
335 aa  461  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.6 
 
 
333 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.54 
 
 
340 aa  444  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.54 
 
 
334 aa  443  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  71.48 
 
 
294 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  67.47 
 
 
328 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.47 
 
 
328 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.13 
 
 
337 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.83 
 
 
333 aa  391  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.9 
 
 
339 aa  391  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.83 
 
 
335 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.83 
 
 
335 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.83 
 
 
335 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05560  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  61.94 
 
 
303 aa  362  3e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
299 aa  356  1.9999999999999998e-97  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.04 
 
 
297 aa  348  4e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  58.54 
 
 
298 aa  345  7e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  59.93 
 
 
294 aa  343  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  59.93 
 
 
294 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  59.93 
 
 
294 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  59.93 
 
 
294 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  59.93 
 
 
294 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
297 aa  343  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  334  1e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  334  1e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.49 
 
 
294 aa  334  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  334  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  334  1e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  334  1e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
299 aa  334  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  57.84 
 
 
294 aa  334  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  57.14 
 
 
294 aa  332  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
296 aa  332  4e-90  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  56.36 
 
 
297 aa  331  8e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 
293 aa  325  5e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 
293 aa  325  5e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
272 aa  321  8e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.52 
 
 
309 aa  319  3.9999999999999996e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.77 
 
 
285 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.63 
 
 
307 aa  314  9.999999999999999e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.51 
 
 
306 aa  311  5.999999999999999e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1917  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.05 
 
 
293 aa  310  1e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.7 
 
 
290 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.83 
 
 
285 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
285 aa  308  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.48 
 
 
297 aa  308  5.9999999999999995e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.9 
 
 
308 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
290 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.47 
 
 
304 aa  306  3e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.12 
 
 
298 aa  306  3e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
291 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.84 
 
 
286 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
300 aa  300  2e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
285 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  53.05 
 
 
285 aa  300  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
285 aa  299  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
285 aa  299  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
285 aa  299  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.19 
 
 
286 aa  299  5e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.84 
 
 
286 aa  298  6e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
298 aa  296  2e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.9 
 
 
301 aa  295  8e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.83 
 
 
298 aa  295  8e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
286 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.9 
 
 
288 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.9 
 
 
292 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
286 aa  292  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
311 aa  292  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
285 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
286 aa  289  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0858  Short-chain alcohol dehydrogenase  52.31 
 
 
289 aa  289  4e-77  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 
285 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
285 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
285 aa  286  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  53.15 
 
 
313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  53.52 
 
 
288 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.88 
 
 
285 aa  282  6.000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
286 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
286 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.87 
 
 
288 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.3 
 
 
285 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.99 
 
 
287 aa  278  6e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
296 aa  278  9e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
293 aa  277  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  52.14 
 
 
286 aa  277  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35800  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.1 
 
 
285 aa  277  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
285 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.72 
 
 
286 aa  275  6e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.066838  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  50.9 
 
 
288 aa  275  7e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.35 
 
 
285 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.53 
 
 
284 aa  275  9e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.54 
 
 
287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.93 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  52.1 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>