More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0912 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
299 aa  617  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  60.07 
 
 
298 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  59.45 
 
 
294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  59.45 
 
 
294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  59.45 
 
 
294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.11 
 
 
297 aa  356  2.9999999999999997e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  59.45 
 
 
294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  58.76 
 
 
294 aa  355  5e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  58.76 
 
 
294 aa  355  5e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  58.76 
 
 
294 aa  355  5e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  58.76 
 
 
294 aa  355  5e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  58.76 
 
 
294 aa  355  5e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.76 
 
 
294 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  59.11 
 
 
294 aa  353  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  58.76 
 
 
294 aa  354  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  58.42 
 
 
294 aa  353  2e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.73 
 
 
333 aa  346  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.36 
 
 
299 aa  344  8e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.39 
 
 
335 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.66 
 
 
333 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  55.41 
 
 
297 aa  342  5e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.48 
 
 
334 aa  338  5.9999999999999996e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.74 
 
 
307 aa  338  5.9999999999999996e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  58.52 
 
 
328 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.52 
 
 
328 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.15 
 
 
337 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.59 
 
 
339 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.7 
 
 
335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.7 
 
 
335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
292 aa  334  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.27 
 
 
335 aa  334  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  58.24 
 
 
306 aa  332  6e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
298 aa  330  1e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  54.92 
 
 
296 aa  330  1e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
340 aa  330  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
297 aa  329  4e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
293 aa  325  4.0000000000000003e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.18 
 
 
309 aa  325  6e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.44 
 
 
308 aa  321  9.000000000000001e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.98 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05560  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.14 
 
 
303 aa  311  5.999999999999999e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
293 aa  310  2.9999999999999997e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0858  Short-chain alcohol dehydrogenase  53.12 
 
 
289 aa  309  2.9999999999999997e-83  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
293 aa  310  2.9999999999999997e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  52.41 
 
 
294 aa  308  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.11 
 
 
285 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 
288 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.74 
 
 
285 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.38 
 
 
285 aa  299  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.41 
 
 
297 aa  298  9e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
292 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.51 
 
 
272 aa  294  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
304 aa  294  1e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1917  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.15 
 
 
293 aa  293  2e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.18 
 
 
298 aa  293  3e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
286 aa  291  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.65 
 
 
285 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 
288 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  51.05 
 
 
288 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.87 
 
 
286 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.54 
 
 
293 aa  288  8e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
295 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  52.94 
 
 
285 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.9 
 
 
295 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.83 
 
 
301 aa  285  7e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.37 
 
 
286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.04 
 
 
286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.51 
 
 
285 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
285 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.5 
 
 
298 aa  281  8.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
286 aa  280  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
285 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.31 
 
 
288 aa  280  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.06 
 
 
285 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  50.94 
 
 
288 aa  280  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
286 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  52.06 
 
 
288 aa  279  4e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  50.94 
 
 
288 aa  277  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.7 
 
 
285 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.56 
 
 
284 aa  277  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  51.31 
 
 
288 aa  276  2e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  51.31 
 
 
288 aa  276  2e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 
286 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  51.31 
 
 
288 aa  276  2e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  50.94 
 
 
288 aa  276  2e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  51.31 
 
 
288 aa  276  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.01 
 
 
285 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.14 
 
 
285 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
288 aa  275  5e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.63 
 
 
287 aa  275  6e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
288 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.53 
 
 
285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  48 
 
 
313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.28 
 
 
288 aa  273  3e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.17 
 
 
311 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
283 aa  272  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
285 aa  272  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>