More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5588 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  100 
 
 
285 aa  582  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.65 
 
 
285 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.3 
 
 
285 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.29 
 
 
285 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.6 
 
 
285 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79 
 
 
286 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79 
 
 
285 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.89 
 
 
285 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.54 
 
 
285 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.8 
 
 
311 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.44 
 
 
286 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.8 
 
 
285 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.8 
 
 
285 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.73 
 
 
286 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.44 
 
 
285 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.38 
 
 
286 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.02 
 
 
286 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.68 
 
 
286 aa  431  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.38 
 
 
288 aa  421  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  70.32 
 
 
288 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.07 
 
 
288 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.72 
 
 
285 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.53 
 
 
300 aa  384  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.02 
 
 
286 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.83 
 
 
288 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  64.31 
 
 
286 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.46 
 
 
285 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.37 
 
 
292 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.46 
 
 
285 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.79 
 
 
285 aa  369  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.46 
 
 
285 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
285 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.04 
 
 
280 aa  364  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.4 
 
 
285 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.73 
 
 
297 aa  351  5.9999999999999994e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.83 
 
 
298 aa  349  4e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.85 
 
 
298 aa  336  1.9999999999999998e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.51 
 
 
290 aa  333  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
295 aa  332  5e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.16 
 
 
290 aa  331  7.000000000000001e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.16 
 
 
290 aa  331  1e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.71 
 
 
295 aa  328  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
293 aa  328  7e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
291 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5938  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  78.31 
 
 
206 aa  319  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.14 
 
 
297 aa  315  4e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
285 aa  314  9e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
293 aa  313  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.77 
 
 
292 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.27 
 
 
335 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.52 
 
 
333 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
333 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  55 
 
 
297 aa  301  6.000000000000001e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  54.18 
 
 
288 aa  301  1e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.02 
 
 
284 aa  300  1e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
292 aa  300  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.62 
 
 
304 aa  300  2e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 
308 aa  299  4e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
288 aa  297  1e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.45 
 
 
340 aa  296  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.45 
 
 
293 aa  295  8e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  54.18 
 
 
286 aa  294  9e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.02 
 
 
285 aa  294  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.76 
 
 
335 aa  293  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.02 
 
 
335 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.02 
 
 
335 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  51.97 
 
 
334 aa  292  3e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  52.94 
 
 
288 aa  292  4e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  52.21 
 
 
288 aa  292  4e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.35 
 
 
297 aa  292  4e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 
288 aa  292  4e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.62 
 
 
298 aa  292  4e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  52.21 
 
 
288 aa  291  7e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  52.94 
 
 
288 aa  291  9e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  52.94 
 
 
288 aa  291  9e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  52.94 
 
 
288 aa  291  9e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  52.94 
 
 
288 aa  291  9e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
334 aa  291  1e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.28 
 
 
285 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.603842  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.69 
 
 
339 aa  290  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  51.84 
 
 
288 aa  289  3e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  51.84 
 
 
288 aa  290  3e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
285 aa  290  3e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716847  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  53.82 
 
 
296 aa  290  3e-77  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
285 aa  290  3e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.110576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.36 
 
 
306 aa  289  4e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
287 aa  288  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  53.26 
 
 
298 aa  288  5.0000000000000004e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.77 
 
 
285 aa  288  9e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.48 
 
 
307 aa  288  1e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.16 
 
 
287 aa  287  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.94 
 
 
299 aa  287  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  53.26 
 
 
309 aa  286  4e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 
337 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  51.97 
 
 
328 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.97 
 
 
328 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  52.21 
 
 
286 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2925  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.46 
 
 
296 aa  282  4.0000000000000003e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>