More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5938 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5938  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  100 
 
 
206 aa  424  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.24 
 
 
286 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.66 
 
 
286 aa  341  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.86 
 
 
285 aa  333  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.07 
 
 
286 aa  327  7e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.08 
 
 
285 aa  324  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.62 
 
 
285 aa  321  5e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.46 
 
 
285 aa  320  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.08 
 
 
285 aa  319  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  78.31 
 
 
285 aa  319  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.92 
 
 
285 aa  316  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.38 
 
 
311 aa  316  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.22 
 
 
285 aa  311  5.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.19 
 
 
285 aa  309  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.51 
 
 
286 aa  293  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.43 
 
 
286 aa  288  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.43 
 
 
285 aa  286  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.89 
 
 
285 aa  284  5e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.89 
 
 
285 aa  285  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.27 
 
 
286 aa  285  5e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.11 
 
 
288 aa  274  6e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.11 
 
 
288 aa  272  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  68.65 
 
 
288 aa  270  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.57 
 
 
292 aa  264  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.03 
 
 
285 aa  261  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.03 
 
 
300 aa  254  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.24 
 
 
288 aa  250  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.28 
 
 
286 aa  234  8e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.77 
 
 
298 aa  234  9e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.54 
 
 
280 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
285 aa  233  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  57.43 
 
 
286 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.46 
 
 
285 aa  231  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.93 
 
 
285 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.79 
 
 
293 aa  226  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
297 aa  224  9e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.45 
 
 
285 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.45 
 
 
285 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.76 
 
 
298 aa  219  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.07 
 
 
297 aa  214  5e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
285 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.32 
 
 
285 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
290 aa  211  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
290 aa  210  9e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.59 
 
 
290 aa  209  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
291 aa  207  9e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.31 
 
 
284 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.49 
 
 
285 aa  205  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.75 
 
 
293 aa  204  5e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
295 aa  204  8e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 
295 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  53.26 
 
 
297 aa  203  1e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.95 
 
 
288 aa  202  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.35 
 
 
306 aa  202  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
295 aa  200  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.43 
 
 
292 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.74 
 
 
308 aa  198  3.9999999999999996e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
285 aa  197  9e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.957314  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 
284 aa  197  9e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.21 
 
 
306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  53.04 
 
 
286 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  53.04 
 
 
286 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
335 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
335 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
335 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.52 
 
 
284 aa  193  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03679  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G05870)  50.28 
 
 
302 aa  192  2e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0128592 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.45 
 
 
287 aa  192  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  47.31 
 
 
291 aa  191  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  51.93 
 
 
288 aa  191  9e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  50.83 
 
 
288 aa  190  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  50.83 
 
 
288 aa  190  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.27 
 
 
285 aa  190  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.603842  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  50.83 
 
 
288 aa  190  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  50.83 
 
 
288 aa  190  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.27 
 
 
285 aa  190  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716847  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
285 aa  190  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.27 
 
 
285 aa  190  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.110576 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  50.28 
 
 
288 aa  189  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
286 aa  189  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.27 
 
 
333 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  50 
 
 
317 aa  189  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
282 aa  189  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.144902 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2925  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.38 
 
 
296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  48.78 
 
 
309 aa  188  4e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.55 
 
 
297 aa  188  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27180  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  48.63 
 
 
281 aa  188  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
287 aa  188  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  50.28 
 
 
288 aa  188  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.45 
 
 
288 aa  187  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  50.28 
 
 
288 aa  187  8e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.73 
 
 
299 aa  187  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
305 aa  187  9e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  50.28 
 
 
288 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.74 
 
 
285 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
286 aa  186  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.63 
 
 
307 aa  186  3e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  48.62 
 
 
288 aa  186  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
285 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
285 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>