More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2997 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  587  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.58 
 
 
285 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.23 
 
 
285 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  78.6 
 
 
285 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.49 
 
 
285 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.79 
 
 
285 aa  461  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.59 
 
 
286 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.65 
 
 
286 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.74 
 
 
285 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.65 
 
 
311 aa  454  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 
285 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 
285 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.4 
 
 
286 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.78 
 
 
286 aa  444  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.43 
 
 
286 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.38 
 
 
286 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.58 
 
 
285 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.42 
 
 
288 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  68.42 
 
 
288 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.72 
 
 
288 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.02 
 
 
285 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.55 
 
 
292 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.4 
 
 
285 aa  371  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.84 
 
 
286 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.81 
 
 
288 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.44 
 
 
300 aa  362  3e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 
298 aa  359  2e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  61.13 
 
 
286 aa  359  3e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.43 
 
 
280 aa  351  8.999999999999999e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.04 
 
 
285 aa  351  8.999999999999999e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.65 
 
 
285 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.95 
 
 
285 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.95 
 
 
285 aa  347  9e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.6 
 
 
285 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 
290 aa  335  5e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 
290 aa  333  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 
290 aa  333  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.56 
 
 
297 aa  330  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.29 
 
 
298 aa  325  6e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
291 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.85 
 
 
293 aa  322  4e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5938  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  79.46 
 
 
206 aa  320  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55 
 
 
295 aa  318  6e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
292 aa  317  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
295 aa  314  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
295 aa  313  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.83 
 
 
297 aa  310  1e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
293 aa  309  4e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.34 
 
 
308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
333 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
288 aa  304  1.0000000000000001e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.9 
 
 
335 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
333 aa  298  8e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
340 aa  295  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.72 
 
 
304 aa  295  5e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.19 
 
 
335 aa  295  6e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  50.54 
 
 
291 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
334 aa  293  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.71 
 
 
285 aa  290  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.89 
 
 
284 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
292 aa  288  5.0000000000000004e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  51.58 
 
 
297 aa  287  1e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.65 
 
 
339 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  49.46 
 
 
317 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.77 
 
 
298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  50.54 
 
 
286 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  50.72 
 
 
294 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  50.72 
 
 
294 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
284 aa  282  5.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  50.72 
 
 
294 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  50.72 
 
 
294 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
284 aa  281  6.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  48.75 
 
 
334 aa  281  7.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.76 
 
 
335 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.76 
 
 
335 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1207  short chain dehydrogenase  50.36 
 
 
337 aa  280  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
285 aa  280  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  50.72 
 
 
294 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
286 aa  280  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  50.36 
 
 
294 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.72 
 
 
285 aa  280  3e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.603842  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  49.64 
 
 
294 aa  279  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.73 
 
 
287 aa  280  3e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
287 aa  279  3e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
294 aa  279  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  49.64 
 
 
294 aa  279  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  48.4 
 
 
286 aa  278  5e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1817  short chain dehydrogenase  49.46 
 
 
337 aa  279  5e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
301 aa  278  9e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
286 aa  277  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
285 aa  277  1e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716847  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
285 aa  277  1e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.110576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>