More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2859 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  89.82 
 
 
285 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.82 
 
 
285 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.77 
 
 
285 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.17 
 
 
286 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  76.76 
 
 
286 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
285 aa  381  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.91 
 
 
285 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
285 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
285 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.22 
 
 
285 aa  371  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  61.7 
 
 
288 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.19 
 
 
288 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.97 
 
 
286 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.77 
 
 
288 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  61.4 
 
 
285 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.46 
 
 
285 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.4 
 
 
285 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.05 
 
 
285 aa  362  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
286 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.04 
 
 
286 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
285 aa  355  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.35 
 
 
285 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
285 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.04 
 
 
286 aa  352  5e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.57 
 
 
286 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.6 
 
 
285 aa  350  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.57 
 
 
280 aa  350  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.65 
 
 
285 aa  350  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.22 
 
 
311 aa  346  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
286 aa  344  8.999999999999999e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
288 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.67 
 
 
300 aa  337  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
292 aa  334  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
298 aa  328  4e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
290 aa  326  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
290 aa  325  5e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
290 aa  325  6e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
291 aa  323  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
295 aa  318  7e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.69 
 
 
295 aa  317  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.69 
 
 
295 aa  315  6e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.33 
 
 
293 aa  313  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.06 
 
 
292 aa  308  9e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
298 aa  306  4.0000000000000004e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.91 
 
 
297 aa  305  4.0000000000000004e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
293 aa  301  1e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.26 
 
 
308 aa  295  7e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
285 aa  293  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  54.64 
 
 
297 aa  291  7e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
285 aa  290  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
298 aa  290  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
288 aa  289  4e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.35 
 
 
293 aa  288  5.0000000000000004e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.27 
 
 
284 aa  288  8e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
333 aa  287  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
304 aa  287  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.47 
 
 
284 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
285 aa  285  4e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
287 aa  285  7e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.28 
 
 
286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  52.82 
 
 
313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
286 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.46 
 
 
305 aa  282  5.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27180  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.46 
 
 
281 aa  281  1e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
292 aa  280  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
335 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  50 
 
 
294 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  49.63 
 
 
286 aa  278  7e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.57 
 
 
306 aa  278  7e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  278  9e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  48.74 
 
 
286 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  49.64 
 
 
288 aa  278  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  50 
 
 
328 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
328 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  48.59 
 
 
298 aa  276  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
288 aa  275  5e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
337 aa  275  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.73 
 
 
287 aa  275  8e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
301 aa  275  9e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  49.64 
 
 
288 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  50.18 
 
 
307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  48.58 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  48.58 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  48.58 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  48.58 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  48.58 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
288 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
288 aa  273  3e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
288 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
285 aa  273  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
288 aa  273  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  47.86 
 
 
288 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>