More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4203 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
290 aa  588  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.66 
 
 
290 aa  586  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.93 
 
 
290 aa  578  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.66 
 
 
291 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.17 
 
 
288 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  60.82 
 
 
288 aa  352  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
288 aa  348  8e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
285 aa  345  6e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.79 
 
 
285 aa  345  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.09 
 
 
285 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.74 
 
 
285 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.39 
 
 
285 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
292 aa  338  8e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.01 
 
 
286 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.39 
 
 
286 aa  335  7e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  57.95 
 
 
286 aa  334  9e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 
285 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.64 
 
 
311 aa  333  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.69 
 
 
285 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  58.16 
 
 
285 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
286 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 
285 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
286 aa  329  3e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.94 
 
 
285 aa  328  6e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
300 aa  328  8e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
285 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
285 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.59 
 
 
285 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
292 aa  326  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.05 
 
 
286 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 
285 aa  324  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
286 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
340 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
285 aa  317  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
286 aa  316  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
285 aa  316  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
335 aa  312  3.9999999999999997e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
280 aa  312  3.9999999999999997e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
285 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
288 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
285 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
333 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
293 aa  309  4e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
292 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.09 
 
 
285 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
298 aa  304  9.000000000000001e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
298 aa  301  1e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
298 aa  300  2e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.17 
 
 
304 aa  299  4e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  54.33 
 
 
313 aa  296  2e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.11 
 
 
297 aa  295  4e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
297 aa  290  2e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.87 
 
 
297 aa  289  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  50.52 
 
 
294 aa  289  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
333 aa  288  7e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.53 
 
 
335 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
287 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 
285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.48 
 
 
337 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
335 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
284 aa  280  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
335 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.46 
 
 
287 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  49.14 
 
 
328 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.14 
 
 
328 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.65 
 
 
301 aa  279  5e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  52.04 
 
 
288 aa  277  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  52.04 
 
 
288 aa  277  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  52.04 
 
 
288 aa  277  1e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  51.67 
 
 
288 aa  277  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  52.04 
 
 
288 aa  277  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
339 aa  277  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  52.79 
 
 
288 aa  278  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.8 
 
 
288 aa  277  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
295 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
285 aa  276  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
293 aa  275  5e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  50.93 
 
 
288 aa  275  6e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
286 aa  275  8e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.066838  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  48.8 
 
 
297 aa  275  8e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  50.52 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  50.87 
 
 
309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  50.93 
 
 
288 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  51.67 
 
 
288 aa  273  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  50.93 
 
 
288 aa  273  3e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  50.87 
 
 
294 aa  272  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  50.52 
 
 
294 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  50.52 
 
 
294 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  50.52 
 
 
294 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  50.52 
 
 
294 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  50.52 
 
 
294 aa  272  5.000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  50.17 
 
 
294 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  50.17 
 
 
294 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  50.17 
 
 
294 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  50.17 
 
 
294 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>