197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0646 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0646  Integrase catalytic region  100 
 
 		 724 aa  1477    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3365  Integrase catalytic region  41.68 
 
 		 718 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.582921  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2068  integrase catalytic region  30.66 
 
 		 738 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00349038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3752  integrase catalytic subunit  28.72 
 
 		 772 aa  266  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2115  integrase catalytic region  30.22 
 
 		 738 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.245855  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2955  prophage MuMc02, transposase protein A, putative  30.83 
 
 		 709 aa  231  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.456308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0643  transposase, putative  29.34 
 
 		 715 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  25.99 
 
 		 625 aa  110  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  32.78 
 
 		 547 aa  108  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  27.15 
 
 		 552 aa  100  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0270  bacteriophage DNA transposition protein A, putative  25.62 
 
 		 690 aa  88.2  4e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.513793  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0252  putative bacteriophage DNA transposition protein A  25.77 
 
 		 372 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  28.47 
 
 		 561 aa  82  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  27.09 
 
 		 595 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2121  integrase catalytic subunit  24.51 
 
 		 705 aa  78.2  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1279  integrase catalytic subunit  24.51 
 
 		 705 aa  78.2  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  24.93 
 
 		 481 aa  77  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4214  Transposase-like Mu  25.26 
 
 		 665 aa  76.6  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.497688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  27.18 
 
 		 480 aa  76.3  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  27.18 
 
 		 480 aa  76.3  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  24.36 
 
 		 481 aa  73.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  25.4 
 
 		 468 aa  71.6  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  26.07 
 
 		 558 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  24.44 
 
 		 630 aa  70.5  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  26.07 
 
 		 558 aa  70.1  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12826  transposase  25.26 
 
 		 469 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.44117e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  21.82 
 
 		 626 aa  69.3  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 556 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 556 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 556 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 556 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  22.63 
 
 		 618 aa  68.6  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  31.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  25.43 
 
 		 663 aa  65.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3350  bacteriophage transposase A protein, putative  24.84 
 
 		 708 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  28.86 
 
 		 670 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2257  integrase catalytic subunit  24 
 
 		 459 aa  64.7  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1285  integrase catalytic subunit  24 
 
 		 459 aa  64.7  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  25.25 
 
 		 497 aa  63.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  28.85 
 
 		 560 aa  63.9  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  25.25 
 
 		 497 aa  63.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  25.25 
 
 		 497 aa  63.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1894  Integrase catalytic region  24.91 
 
 		 666 aa  63.9  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.6802 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0532  integrase catalytic subunit  24.41 
 
 		 459 aa  63.2  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.01 
 
 		 649 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1010  integrase catalytic subunit  24.41 
 
 		 459 aa  62.4  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  26.79 
 
 		 721 aa  62  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  27.12 
 
 		 626 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 541 aa  62  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 541 aa  62  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 541 aa  62  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 541 aa  62  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  25.17 
 
 		 614 aa  61.2  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  25.17 
 
 		 614 aa  61.2  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  25.17 
 
 		 614 aa  61.2  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  22.3 
 
 		 618 aa  61.2  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  22.3 
 
 		 618 aa  61.2  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25.57 
 
 		 653 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  25.87 
 
 		 677 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  24.14 
 
 		 555 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  25.87 
 
 		 652 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  25.87 
 
 		 652 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  25.87 
 
 		 652 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2545  Integrase catalytic region  25.08 
 
 		 829 aa  58.9  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000108599  hitchhiker  0.00117981 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  24.92 
 
 		 548 aa  58.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1828  Integrase catalytic region  24.7 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.422138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02984  integrase core domain protein  31.97 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  22.03 
 
 		 581 aa  58.2  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3239  integrase catalytic subunit  25.53 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  24.27 
 
 		 536 aa  57.8  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  27.08 
 
 		 599 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  27.08 
 
 		 599 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  24.07 
 
 		 567 aa  57.4  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1990  Integrase catalytic region  29.88 
 
 		 481 aa  56.2  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  27.59 
 
 		 497 aa  55.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1264  Transposase-like Mu  23.22 
 
 		 728 aa  55.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000119608 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0411  Integrase catalytic region  21.17 
 
 		 551 aa  55.1  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00539616  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  22.99 
 
 		 611 aa  55.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0458  integrase catalytic subunit  34.11 
 
 		 338 aa  54.7  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1105  integrase catalytic subunit  26.94 
 
 		 426 aa  53.9  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0473204  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3222  integrase catalytic subunit  26.55 
 
 		 539 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0196436  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  23.82 
 
 		 810 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0713  Transposase-like Mu  25.85 
 
 		 732 aa  53.1  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  26.88 
 
 		 547 aa  52.8  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  24.23 
 
 		 554 aa  52.4  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  22.06 
 
 		 677 aa  52  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2634  IS3 family transposase B  25.95 
 
 		 279 aa  51.6  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000161209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4519  IS3 family transposase B  25.95 
 
 		 279 aa  51.6  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000685336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  23.53 
 
 		 614 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0571  integrase catalytic subunit  29.08 
 
 		 499 aa  51.2  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1688  integrase catalytic subunit  29.08 
 
 		 499 aa  51.2  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2501  integrase catalytic subunit  29.08 
 
 		 499 aa  51.2  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616096 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2928  integrase catalytic subunit  29.08 
 
 		 499 aa  51.2  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.171579  normal  0.300711 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0882  hypothetical protein  31.09 
 
 		 628 aa  50.8  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3183  integrase catalytic subunit  25.42 
 
 		 634 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0522653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  30.63 
 
 		 791 aa  50.8  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0613  integrase catalytic subunit  25.42 
 
 		 634 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.514295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5572  integrase catalytic subunit  28.16 
 
 		 510 aa  50.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.588721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3035  transposase protein  23.65 
 
 		 690 aa  49.7  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277466  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1595  integrase core subunit  32.23 
 
 		 289 aa  49.3  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.191885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>