100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0354 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0354  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 		 381 aa  793    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2361  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  42.03 
 
 		 445 aa  239  5e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0243915 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1058  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  56.13 
 
 		 653 aa  235  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0413  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  54.72 
 
 		 653 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.457116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 		 604 aa  107  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  34.27 
 
 		 587 aa  100  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 		 605 aa  99.8  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  33.66 
 
 		 639 aa  93.6  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 588 aa  87.4  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  28.22 
 
 		 581 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3496  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 		 590 aa  82.8  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  31.05 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  31.05 
 
 		 580 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  26.47 
 
 		 580 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 617 aa  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  26.47 
 
 		 580 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 586 aa  67.8  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2731  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 622 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 603 aa  63.2  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2277  extracellular solute-binding protein family 5  27.1 
 
 		 615 aa  62  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00527261  decreased coverage  0.000000000210766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  32.04 
 
 		 553 aa  60.1  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 541 aa  57.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  24.34 
 
 		 596 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1768  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 579 aa  57.4  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000449992  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 596 aa  57  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.24 
 
 		 585 aa  56.6  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.89 
 
 		 556 aa  56.6  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 565 aa  56.2  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 596 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  28.14 
 
 		 542 aa  55.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  25.76 
 
 		 562 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 		 566 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  25.14 
 
 		 615 aa  54.7  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 567 aa  53.5  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3074  extracellular solute-binding protein family 5  24.75 
 
 		 621 aa  53.1  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000149398  normal  0.300897 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.49 
 
 		 568 aa  52.8  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  25.34 
 
 		 571 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.85 
 
 		 567 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2203  extracellular solute-binding protein family 5  25.36 
 
 		 531 aa  52.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0247328 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  26.85 
 
 		 566 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  22.22 
 
 		 540 aa  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 576 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1344  extracellular solute-binding protein  21.69 
 
 		 506 aa  51.2  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.088373  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 575 aa  51.2  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 618 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 511 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  26.32 
 
 		 575 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.2 
 
 		 505 aa  50.8  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  25.13 
 
 		 541 aa  50.4  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  25.25 
 
 		 573 aa  50.1  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4293  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 541 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.5263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.97 
 
 		 546 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 555 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.64 
 
 		 530 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  20.59 
 
 		 533 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4294  extracellular solute-binding protein  21.57 
 
 		 530 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.502669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.65 
 
 		 488 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.52 
 
 		 575 aa  47.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.56 
 
 		 538 aa  47.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 575 aa  47.4  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4235  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 		 542 aa  47  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  51.35 
 
 		 546 aa  47  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 541 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  25.52 
 
 		 575 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1954  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  31.52 
 
 		 567 aa  47  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.754029 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 		 621 aa  47  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  25.52 
 
 		 575 aa  47  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 540 aa  47.4  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  21.08 
 
 		 532 aa  47  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  24.02 
 
 		 553 aa  46.6  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  22.28 
 
 		 551 aa  45.4  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  23.96 
 
 		 575 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.14 
 
 		 511 aa  45.8  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  21.97 
 
 		 550 aa  45.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  35.35 
 
 		 544 aa  45.1  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  34.29 
 
 		 547 aa  45.4  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  24.72 
 
 		 551 aa  45.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1552  extracellular solute-binding protein  20.47 
 
 		 551 aa  45.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560356 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 		 628 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0927  extracellular solute-binding protein  21.08 
 
 		 530 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4558  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  22.33 
 
 		 540 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  21.57 
 
 		 532 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.22 
 
 		 541 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 539 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 551 aa  44.7  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 559 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2498  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 547 aa  44.3  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.228611  normal  0.10844 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  23.41 
 
 		 546 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 541 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  19.61 
 
 		 533 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1850  extracellular solute-binding protein  22.82 
 
 		 499 aa  44.3  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  21.74 
 
 		 532 aa  43.9  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0923  extracellular solute-binding protein  20.59 
 
 		 530 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  35 
 
 		 516 aa  43.5  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.44 
 
 		 555 aa  43.1  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  21.74 
 
 		 530 aa  43.1  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.44 
 
 		 575 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3775  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.23 
 
 		 556 aa  43.1  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.44 
 
 		 575 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2671  extracellular solute-binding protein  21.47 
 
 		 542 aa  42.7  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.699901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>