More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0608 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  58 
 
 		 568 aa  692    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  57.59 
 
 		 573 aa  672    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  64.25 
 
 		 565 aa  724    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 566 aa  1164    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  56.2 
 
 		 585 aa  656    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  46.4 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  46.51 
 
 		 621 aa  511  1e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  46.14 
 
 		 618 aa  500  1e-140  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 		 603 aa  490  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  45.67 
 
 		 581 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  43.66 
 
 		 580 aa  460  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  43.66 
 
 		 580 aa  460  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 		 588 aa  458  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  40.04 
 
 		 571 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  40.15 
 
 		 596 aa  413  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  38.92 
 
 		 596 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  39.85 
 
 		 597 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  40.93 
 
 		 596 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.92 
 
 		 556 aa  175  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.78 
 
 		 520 aa  150  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.34 
 
 		 575 aa  140  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.53 
 
 		 575 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.64 
 
 		 524 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.2 
 
 		 559 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.16 
 
 		 555 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.16 
 
 		 575 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 628 aa  134  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  27.81 
 
 		 535 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.14 
 
 		 575 aa  130  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 617 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 639 aa  128  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 593 aa  128  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.17 
 
 		 515 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  26.98 
 
 		 560 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 508 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.5 
 
 		 531 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 		 509 aa  126  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 544 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  24.3 
 
 		 575 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.72 
 
 		 542 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 528 aa  124  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 534 aa  123  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.52 
 
 		 589 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 551 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 586 aa  123  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  26.86 
 
 		 605 aa  123  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 575 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.46 
 
 		 524 aa  122  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 575 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  24.81 
 
 		 575 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 		 545 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  24.81 
 
 		 575 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 		 519 aa  120  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 629 aa  120  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  28.37 
 
 		 627 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  27.03 
 
 		 518 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  28.68 
 
 		 557 aa  118  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.78 
 
 		 532 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  24.85 
 
 		 527 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 631 aa  117  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  25.13 
 
 		 536 aa  117  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 567 aa  117  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 541 aa  117  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 		 596 aa  116  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 535 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 536 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  22.9 
 
 		 566 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.09 
 
 		 567 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  26.78 
 
 		 541 aa  114  4.0000000000000004e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.43 
 
 		 594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.84 
 
 		 626 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.67 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  26.48 
 
 		 537 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.85 
 
 		 539 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  24.37 
 
 		 600 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.4 
 
 		 531 aa  111  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1765  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.4 
 
 		 596 aa  110  5e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.220703  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.05 
 
 		 534 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 		 516 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 526 aa  110  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 519 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  25.99 
 
 		 540 aa  110  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 549 aa  109  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.28 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  24.41 
 
 		 533 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.77 
 
 		 524 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.18 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 		 534 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 604 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 587 aa  109  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.18 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.6 
 
 		 516 aa  108  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.51 
 
 		 511 aa  108  3e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.18 
 
 		 512 aa  108  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 545 aa  108  4e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 605 aa  107  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 544 aa  107  5e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 520 aa  107  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0422  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 525 aa  107  6e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>