More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0413 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1058  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  93.26 
 
 		 653 aa  1212    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0413  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 		 653 aa  1343    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.457116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2361  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  69.27 
 
 		 445 aa  617  1e-175  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0243915 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0354  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  54.72 
 
 		 381 aa  232  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 		 604 aa  163  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 		 639 aa  147  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 605 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 617 aa  137  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  33.08 
 
 		 587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3496  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 590 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  29.73 
 
 		 580 aa  101  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  29.73 
 
 		 579 aa  101  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 581 aa  99.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 541 aa  95.1  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.4 
 
 		 585 aa  94.7  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 588 aa  92.4  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  24.41 
 
 		 580 aa  90.1  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  24.41 
 
 		 580 aa  90.1  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  30.39 
 
 		 626 aa  82  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.78 
 
 		 568 aa  80.5  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 566 aa  77.8  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  28.81 
 
 		 562 aa  75.9  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  22.9 
 
 		 540 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 553 aa  74.7  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  30.37 
 
 		 629 aa  74.3  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 		 501 aa  73.6  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.82 
 
 		 505 aa  72  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.69 
 
 		 575 aa  72  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01870  hypothetical protein  25.56 
 
 		 539 aa  71.6  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.69 
 
 		 575 aa  72  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.69 
 
 		 575 aa  71.6  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  33.09 
 
 		 544 aa  71.6  0.00000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.69 
 
 		 555 aa  72  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  33.81 
 
 		 547 aa  71.6  0.00000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 575 aa  71.6  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2203  extracellular solute-binding protein family 5  24.49 
 
 		 531 aa  70.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0247328 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.67 
 
 		 559 aa  70.5  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.87 
 
 		 532 aa  70.5  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  25.19 
 
 		 557 aa  70.1  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  29.02 
 
 		 596 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 596 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 		 551 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 575 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  23.42 
 
 		 573 aa  69.3  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 596 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2731  extracellular solute-binding protein family 5  23.53 
 
 		 622 aa  68.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.81 
 
 		 575 aa  68.6  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.71 
 
 		 527 aa  67.8  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 544 aa  67.8  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 565 aa  67.8  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 603 aa  67.8  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 539 aa  67.8  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  26.69 
 
 		 503 aa  67.4  0.0000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 534 aa  67  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  30.41 
 
 		 605 aa  66.6  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 533 aa  66.6  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1768  extracellular solute-binding protein family 5  23.35 
 
 		 579 aa  67  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000449992  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 497 aa  66.6  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 547 aa  66.6  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1596  extracellular solute-binding protein family 5  23.94 
 
 		 572 aa  66.6  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0368881  unclonable  7.93881e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  24.44 
 
 		 575 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 576 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  24.44 
 
 		 575 aa  66.2  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 538 aa  66.2  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 573 aa  66.2  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 586 aa  65.9  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 565 aa  65.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  26.7 
 
 		 516 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  23.08 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  27.14 
 
 		 615 aa  65.1  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 575 aa  65.1  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 516 aa  65.1  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 555 aa  65.1  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.35 
 
 		 525 aa  64.7  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  26.35 
 
 		 527 aa  64.7  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.18 
 
 		 538 aa  64.3  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.91 
 
 		 516 aa  64.3  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2277  extracellular solute-binding protein family 5  23.05 
 
 		 615 aa  63.9  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00527261  decreased coverage  0.000000000210766 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 618 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  26.42 
 
 		 631 aa  63.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  23.86 
 
 		 546 aa  63.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 596 aa  62.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2629  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 550 aa  62.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.553559  normal  0.405199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 621 aa  63.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3074  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 		 621 aa  63.2  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000149398  normal  0.300897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.68 
 
 		 532 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  38.68 
 
 		 543 aa  62.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  26.89 
 
 		 593 aa  63.2  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.98 
 
 		 515 aa  62.4  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  21.32 
 
 		 562 aa  62.4  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.45 
 
 		 511 aa  62.4  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 593 aa  61.6  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0785  extracellular solute-binding protein family 5  25.79 
 
 		 600 aa  61.6  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1344  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 		 506 aa  61.6  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.088373  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 508 aa  61.6  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 535 aa  62  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  25.58 
 
 		 531 aa  61.6  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0104885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  30.14 
 
 		 597 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 534 aa  61.6  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 591 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>