195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6212 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007337  Reut_D6491  transposase Tn3  45.97 
 
 
971 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114145  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5146  transposase Tn3 family protein  45.97 
 
 
971 aa  830    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.427024  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6590  transposase Tn3  63.23 
 
 
978 aa  1296    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138466  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5545  transposase Tn3  54.1 
 
 
845 aa  872    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.288068 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1179  transposase  45.87 
 
 
971 aa  829    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1202  transposase Tn3  45.87 
 
 
971 aa  829    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.773919  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6212  transposase Tn3  100 
 
 
979 aa  1994    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1491  transposase Tn3  45.97 
 
 
971 aa  830    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.200798  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1506  transposase Tn3  45.97 
 
 
971 aa  830    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0432891  hitchhiker  0.006326 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1544  transposase Tn3  45.97 
 
 
971 aa  830    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.121615  normal  0.953447 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7306  transposase Tn3 family protein  67.11 
 
 
980 aa  1353    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0045557 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5798  transposase Tn3 family protein  62.38 
 
 
928 aa  1209    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0684485 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4228  transposase Tn3 family protein  45.87 
 
 
971 aa  829    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.260644  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4288  transposase Tn3 family protein  45.97 
 
 
971 aa  830    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5683  transposase Tn3 family protein  68.72 
 
 
979 aa  1363    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.145306  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2241  transposase Tn3 family protein  45.97 
 
 
971 aa  830    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.86312  normal  0.995044 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3007  transposase Tn3 family protein  45.87 
 
 
971 aa  829    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3044  transposase Tn3 family protein  45.87 
 
 
971 aa  829    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0069  TnpA family transposase  47.08 
 
 
946 aa  795    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.724381  hitchhiker  0.00503767 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0418  TnpA family transposase  47.65 
 
 
969 aa  844    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.524573  normal  0.229677 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0454  TnpA family transposase  47.65 
 
 
969 aa  844    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0489  TnpA family transposase  47.65 
 
 
969 aa  844    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384834  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0570  TnpA family transposase  47.08 
 
 
946 aa  795    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0569559 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0645  transposase Tn3 family protein  47.1 
 
 
970 aa  842    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0794164 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5786  transposase Tn3 family protein  47.74 
 
 
766 aa  644    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2470  transposase Tn3  36.6 
 
 
977 aa  586  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0197511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1639  transposase Tn3 family protein  35.4 
 
 
977 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0647401  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5280  transposase Tn3 family protein  35.4 
 
 
977 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1323  transposase Tn3 family protein  36.26 
 
 
989 aa  544  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.32373 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5075  transposase Tn3 family protein  34.61 
 
 
972 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4279  transposase Tn3 family protein  39.18 
 
 
799 aa  432  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0330145  normal 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6617  transposase Tn3 family protein  39.1 
 
 
633 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1853  transposase Tn3 family protein  32.15 
 
 
762 aa  345  2.9999999999999997e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.713988  normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0147  transposase  23.44 
 
 
987 aa  229  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.857028 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0124  Tn3 family transposase  24.27 
 
 
988 aa  227  9e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.906843 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6179  TnpA transposase Tn4380 mercury transposon Tn3 family  24.27 
 
 
988 aa  227  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.646837  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4474  transposase Tn6050  24.27 
 
 
988 aa  227  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.199867  decreased coverage  0.00670356 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4598  transposase Tn6050  24.27 
 
 
988 aa  227  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0210751  hitchhiker  0.00941907 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5790  transposase Tn3 family protein  24.87 
 
 
1015 aa  224  8e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1495  transposase Tn3  24.1 
 
 
988 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.487839 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6188  transposase Tn3  24.46 
 
 
989 aa  222  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.480567  hitchhiker  0.0000297094 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2145  transposase Tn3 family protein  24.2 
 
 
988 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0016  ISSod9, transposase  23.29 
 
 
988 aa  221  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0167  ISSod9, transposase  23.29 
 
 
988 aa  221  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2345  transposase Tn3 family protein  24.48 
 
 
988 aa  220  8.999999999999998e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1205  transposase Tn3 family protein  23.78 
 
 
988 aa  219  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0052  Tn3 family transposase  23.29 
 
 
988 aa  215  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.469648 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4458  transposase Tn3 family protein  24.9 
 
 
988 aa  215  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.386666  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4289  transposase Tn3 family protein  24.9 
 
 
988 aa  215  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4189  transposase Tn3 family protein  24.9 
 
 
988 aa  215  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.346248  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0154  transposase x  21.06 
 
 
992 aa  212  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0069  transposase  22.49 
 
 
983 aa  211  4e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.197495  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0010  Tn3 family transposase  24.24 
 
 
989 aa  209  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4318  transposase Tn3 family protein  22.81 
 
 
964 aa  204  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2321  transposase Tn3 family protein  23.46 
 
 
988 aa  201  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.801463  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5337  transposase  23.36 
 
 
988 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3983  transposase Tn3 family protein  23.03 
 
 
988 aa  199  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.948733  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0630  transposase Tn3 family protein  23.03 
 
 
988 aa  199  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1257  transposase Tn3 family protein  23.97 
 
 
990 aa  199  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3828  transposase Tn3 family protein  23.81 
 
 
990 aa  199  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3845  transposase Tn3 family protein  23.81 
 
 
990 aa  199  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1913  transposase Tn3 family protein  23.81 
 
 
990 aa  199  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4420  transposase Tn3 family protein  21.84 
 
 
994 aa  198  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00420695  normal  0.0856947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2679  transposase Tn3 family protein  23.81 
 
 
990 aa  197  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.669766  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5784  IS1071, transposase  41.22 
 
 
247 aa  197  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978933  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2174  transposase Tn3 family protein  21.84 
 
 
994 aa  197  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0111  transposase  26.01 
 
 
997 aa  196  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0141  transposon Tn21 transposase TnpA  23.55 
 
 
990 aa  193  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0036  Tn3 family transposase  23.55 
 
 
990 aa  193  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.296904 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4794  transposase Tn3 family protein  24.41 
 
 
991 aa  187  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4894  transposase Tn3 family protein  25.03 
 
 
999 aa  186  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2705  transposase Tn3 family protein  24.92 
 
 
991 aa  185  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.347757  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2941  transposase Tn3 family protein  24.92 
 
 
991 aa  185  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360292  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4224  transposase Tn3 family protein  21.92 
 
 
994 aa  185  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.398551  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2183  transposase Tn3 family protein  21.5 
 
 
862 aa  183  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4684  transposase Tn3 family protein  23.3 
 
 
988 aa  180  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238188  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4378  transposase Tn3  24.49 
 
 
991 aa  179  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4554  transposase Tn3  24.49 
 
 
991 aa  179  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5432  transposase Tn3 family protein  23.49 
 
 
985 aa  177  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.478575  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5076  TnpA family transposase  39.51 
 
 
254 aa  178  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1704  transposase Tn3  24.62 
 
 
1006 aa  175  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.019193  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0030  transposase  25.87 
 
 
606 aa  175  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000301486  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2998  transposase Tn3  25.91 
 
 
755 aa  171  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.645323 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2082  transposase Tn3 family protein  23.66 
 
 
550 aa  170  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.981814  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5425  transposase Tn3 family protein  25.18 
 
 
992 aa  167  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5458  hypothetical protein  25.18 
 
 
992 aa  167  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2667  transposase Tn3  23.57 
 
 
961 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277321  normal  0.799372 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3695  transposase Tn3 family protein  23.34 
 
 
969 aa  164  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5543  hypothetical protein  53.33 
 
 
186 aa  160  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.661737 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1822  transposase Tn3 family protein  27.32 
 
 
371 aa  156  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3568  transposase Tn3 family protein  24.25 
 
 
996 aa  156  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0088  transposase  28.11 
 
 
771 aa  155  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.560561 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3698  transposase Tn3 family protein  22.33 
 
 
974 aa  152  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0861191  normal  0.131988 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0196  transposase  29.34 
 
 
338 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3605  transposase Tn3 family protein  23.84 
 
 
996 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1105  transposase Tn3 family protein  23.84 
 
 
996 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3496  transposase Tn3 family protein  23.84 
 
 
996 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0968755  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3661  transposase Tn3 family protein  22.97 
 
 
950 aa  146  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4776  transposase Tn3 family protein  23.28 
 
 
988 aa  146  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0079  transposase  28.54 
 
 
435 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.776565  normal  0.783345 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>