More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1614 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1614  putative solute-binding transport protein (periplasmic)  100 
 
 		 289 aa  596  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.147333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  68.9 
 
 		 534 aa  437  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  68.2 
 
 		 535 aa  429  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  67.14 
 
 		 535 aa  427  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  48.41 
 
 		 527 aa  307  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  43.26 
 
 		 516 aa  248  7e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 		 516 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 522 aa  245  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  41.43 
 
 		 522 aa  241  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  42.55 
 
 		 534 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  43.26 
 
 		 517 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  42.61 
 
 		 529 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  41.9 
 
 		 529 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 529 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  39.36 
 
 		 515 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 536 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  31.48 
 
 		 533 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 		 539 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 		 532 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  33.45 
 
 		 544 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 524 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 544 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 531 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.17 
 
 		 520 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.29 
 
 		 542 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 530 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 530 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 534 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.7 
 
 		 539 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.62 
 
 		 532 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  27.43 
 
 		 527 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.5 
 
 		 534 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  26.76 
 
 		 558 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  28.52 
 
 		 537 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 537 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.72 
 
 		 534 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 528 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 544 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  28.15 
 
 		 495 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 531 aa  119  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  27.14 
 
 		 533 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 535 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.22 
 
 		 524 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  26.02 
 
 		 536 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 		 533 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.74 
 
 		 531 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.17 
 
 		 532 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  29.57 
 
 		 535 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.64 
 
 		 529 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  26.39 
 
 		 534 aa  98.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.19 
 
 		 531 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.26 
 
 		 547 aa  89.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 512 aa  89.4  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.09 
 
 		 565 aa  89.4  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 510 aa  85.9  7e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1817  peptide transport periplasmic protein SapA  28.05 
 
 		 549 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.690019  normal  0.173891 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  30.1 
 
 		 513 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  27.97 
 
 		 495 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  29.27 
 
 		 513 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  29.47 
 
 		 513 aa  83.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.74 
 
 		 532 aa  83.6  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  26.32 
 
 		 538 aa  83.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  29.95 
 
 		 547 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 531 aa  83.2  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  25.71 
 
 		 560 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 528 aa  82.4  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 519 aa  82  0.000000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0360  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 		 506 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  28.5 
 
 		 518 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 521 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2107  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 532 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 525 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 525 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 541 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.55 
 
 		 544 aa  79.3  0.00000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 597 aa  79  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 538 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1500  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 541 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 538 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 538 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 576 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1615  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577375  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 547 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2629  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 550 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.553559  normal  0.405199 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 489 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1805  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.21 
 
 		 525 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2484  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 541 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0213722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2650  acetate kinase  26.07 
 
 		 541 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.76691 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 551 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 530 aa  76.6  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 516 aa  76.3  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  27.15 
 
 		 514 aa  75.5  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 506 aa  75.5  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2552  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 541 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.69 
 
 		 575 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1816  peptide transport periplasmic protein SapA  27.64 
 
 		 549 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.440252  hitchhiker  0.00000000112139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 530 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.11 
 
 		 541 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1235  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.96 
 
 		 542 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.650831  normal  0.763441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>