More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0029 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0029  porin  100 
 
 		 264 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  67.42 
 
 		 363 aa  348  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  49.24 
 
 		 357 aa  250  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  48.86 
 
 		 360 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  50.38 
 
 		 357 aa  238  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  50.38 
 
 		 354 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  50.38 
 
 		 354 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  46.35 
 
 		 376 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  46.35 
 
 		 376 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  45.09 
 
 		 376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  42.03 
 
 		 413 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  41.88 
 
 		 378 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  40.51 
 
 		 379 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  41.16 
 
 		 377 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  41.16 
 
 		 377 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  41.16 
 
 		 377 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  40.79 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  40.79 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  40.79 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  40.79 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  36.88 
 
 		 373 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  36.88 
 
 		 384 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  36.52 
 
 		 373 aa  152  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  36.52 
 
 		 373 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  36.52 
 
 		 373 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  36.52 
 
 		 373 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  36.52 
 
 		 384 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  32.21 
 
 		 391 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  32.53 
 
 		 382 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  30.74 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  32.52 
 
 		 381 aa  99  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  27.66 
 
 		 347 aa  94  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  30.26 
 
 		 348 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  30.26 
 
 		 348 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  26.92 
 
 		 357 aa  92.8  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  31.43 
 
 		 367 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  28.03 
 
 		 354 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  28.03 
 
 		 354 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  29.3 
 
 		 365 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  29.32 
 
 		 352 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  30.54 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  28.8 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  28.8 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  31.62 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  28.66 
 
 		 389 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5937  porin  31.19 
 
 		 353 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.022245 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  30.58 
 
 		 355 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  29.66 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  31.49 
 
 		 374 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  29.15 
 
 		 368 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  29.66 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  29.45 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  27.43 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3027  outer membrane protein (porin)  29.13 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0984203  normal  0.75673 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3269  porin  27.6 
 
 		 340 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00595502  normal  0.572597 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  29.72 
 
 		 353 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  32.23 
 
 		 358 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  31.08 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  26.72 
 
 		 364 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  31.67 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  28.47 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  30.74 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  28.47 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  30.35 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  29.21 
 
 		 355 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  28.75 
 
 		 386 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  28.75 
 
 		 386 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  26.42 
 
 		 372 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  28.2 
 
 		 387 aa  68.6  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  29.08 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  30.74 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0400  porin  26.69 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.676022  normal  0.200977 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  26.8 
 
 		 358 aa  65.9  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  27.38 
 
 		 396 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4019  OmpC family outer membrane porin  26.15 
 
 		 373 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000373158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5649  outer membrane protein (porin)  27.69 
 
 		 312 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  29.17 
 
 		 358 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5210  outer membrane protein (porin)  27.69 
 
 		 312 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00719172  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  25.94 
 
 		 362 aa  65.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.61 
 
 		 363 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0680  porin Gram-negative type  26.5 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  30 
 
 		 384 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  25.47 
 
 		 362 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  30.61 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  30.61 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  30.61 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  29.58 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  27.18 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  29.35 
 
 		 353 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  26.85 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  26.16 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0973  OmpC family outer membrane porin  26.32 
 
 		 393 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000310087  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  27.15 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  29.19 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  28.04 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  28.98 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  28.33 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3886  porin  28.29 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.426254  normal  0.191492 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2481  outer membrane protein (porin)  26.09 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.587098  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  28.25 
 
 		 398 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>