More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5937 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5937  porin  100 
 
 		 353 aa  714    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.022245 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3027  outer membrane protein (porin)  59.77 
 
 		 352 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0984203  normal  0.75673 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2481  outer membrane protein (porin)  58.64 
 
 		 352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.587098  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3886  porin  57.91 
 
 		 351 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.426254  normal  0.191492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3269  porin  51.19 
 
 		 340 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00595502  normal  0.572597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  50.71 
 
 		 352 aa  329  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5649  outer membrane protein (porin)  52.08 
 
 		 312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5210  outer membrane protein (porin)  52.08 
 
 		 312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00719172  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  35.65 
 
 		 363 aa  159  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  32.28 
 
 		 376 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  31.76 
 
 		 376 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.77 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  31.08 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.18 
 
 		 358 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  31.77 
 
 		 376 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  32.82 
 
 		 413 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  32.38 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  30.91 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  30.91 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  34.75 
 
 		 357 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  33.71 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  33.71 
 
 		 357 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  33.71 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  33.25 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  32.63 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  34.95 
 
 		 364 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  33.33 
 
 		 378 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  31.1 
 
 		 348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  32.21 
 
 		 372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  33.15 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  33.15 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  33.15 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  32.43 
 
 		 377 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  32.43 
 
 		 377 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  32.43 
 
 		 377 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  32.43 
 
 		 377 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  32.28 
 
 		 361 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  30.95 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  30.65 
 
 		 348 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  33.51 
 
 		 363 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  31.59 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  33.43 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  31.09 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  31.78 
 
 		 385 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  31.51 
 
 		 385 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4558  porin  31.92 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  30.83 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  30.83 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  30.83 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  30.71 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  31.94 
 
 		 373 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  31.55 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2544  porin  33.06 
 
 		 367 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644529 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5547  porin  30.79 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  31.22 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4735  porin  30.79 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3632  porin  30.79 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  31.13 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.71 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3288  porin  38.79 
 
 		 380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  32.27 
 
 		 436 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  30.46 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  31.49 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  30.9 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  32.79 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  31.73 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  32.92 
 
 		 380 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.4 
 
 		 363 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  32.52 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4922  porin  29.79 
 
 		 390 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3241  porin  29.79 
 
 		 390 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  30.98 
 
 		 363 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  30.98 
 
 		 363 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  30.98 
 
 		 363 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3812  porin  33.05 
 
 		 360 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.625248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  30.95 
 
 		 381 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  38.42 
 
 		 394 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  30.98 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  29.55 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  42.38 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  30.98 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1819  OmpC family outer membrane porin  31.44 
 
 		 364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.223264  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  32.7 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  31.4 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  31.4 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  31.4 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  30.98 
 
 		 449 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  32.67 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  31.4 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  33.55 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  31.4 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  30.39 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  31.44 
 
 		 436 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4307  porin  31.23 
 
 		 418 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0314487  normal  0.78321 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  32.5 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  32.5 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  32.01 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  31.96 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  31.29 
 
 		 358 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  31.2 
 
 		 383 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>