More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3899 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_4464  pyruvate carboxylase., methylmalonyl-CoA carboxytransferase  57 
 
 		 1067 aa  666    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0495259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2997  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  59.6 
 
 		 1112 aa  697    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717985  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3892  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  62.86 
 
 		 1105 aa  758    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.222877  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2413  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  60.36 
 
 		 1103 aa  728    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0228  pyruvate carboxylase  54.26 
 
 		 1102 aa  670    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2019  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  59.16 
 
 		 1103 aa  723    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3899  propionyl-CoA carboxylase  100 
 
 		 610 aa  1229    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1889  propionyl-CoA carboxylase  59.73 
 
 		 519 aa  645    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0602  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  54.34 
 
 		 1102 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4069  acetyl-CoA carboxylase (biotin carboxylase and carboxyl transferase domains) / biotin carboxyl carrier protein  64.05 
 
 		 1126 aa  800    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0299228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4971  putative carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  64.2 
 
 		 1152 aa  770    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.266349  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2692  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  57.75 
 
 		 1091 aa  726    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.246578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3842  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  60.16 
 
 		 1090 aa  703    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1073  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  71.5 
 
 		 1097 aa  831    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.398596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46320  putative pyruvate carboxylase  59.93 
 
 		 1095 aa  681    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.948302  normal  0.0234216 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4792  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  67.1 
 
 		 1098 aa  793    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1682  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  71.05 
 
 		 1097 aa  850    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3940  biotin carboxylase  59.12 
 
 		 1095 aa  674    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1636  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  53.68 
 
 		 1103 aa  664    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2867  pyruvate carboxylase, propionyl-CoA carboxylase  51.22 
 
 		 1094 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1862  carboxyl transferase  56.4 
 
 		 602 aa  617  1e-175  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00333639  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1872  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  55.94 
 
 		 1054 aa  585  1e-166  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0325  putative carbamoyl-phosphate synthase/carboxyltransferase  49.34 
 
 		 1033 aa  579  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00413632  normal  0.277217 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2712  carboxyl transferase  53.51 
 
 		 524 aa  525  1e-148  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0757047  normal  0.0196449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2710  propionyl-CoA carboxylase  53.8 
 
 		 503 aa  512  1e-144  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.595961  normal  0.61988 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2679  propionyl-CoA carboxylase  53.59 
 
 		 503 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2724  propionyl-CoA carboxylase  53.59 
 
 		 503 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.173098 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0066  propionyl-CoA carboxylase  51.82 
 
 		 519 aa  504  1e-141  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1271  propionyl-CoA carboxylase  46.32 
 
 		 600 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0781  propionyl-CoA carboxylase  50.96 
 
 		 518 aa  490  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.576525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1593  Propionyl-CoA carboxylase  33.27 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1346  Propionyl-CoA carboxylase  34.53 
 
 		 508 aa  228  2e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1807  propionyl-CoA carboxylase  31.1 
 
 		 513 aa  225  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3025  carboxyl transferase  31.21 
 
 		 532 aa  222  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.432014 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2445  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  32.31 
 
 		 517 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1836  Propionyl-CoA carboxylase  33.33 
 
 		 520 aa  220  5e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.101625  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2553  carboxyl transferase domain-containing protein  31.62 
 
 		 513 aa  219  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2608  carboxyl transferase domain protein  31.62 
 
 		 513 aa  219  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.444131  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2291  propionyl-CoA carboxylase  32.03 
 
 		 513 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0918842  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08220  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  32.23 
 
 		 537 aa  218  2.9999999999999998e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.394862 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  31.33 
 
 		 516 aa  218  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  31.33 
 
 		 516 aa  218  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2807  carboxyl transferase domain protein  32.24 
 
 		 513 aa  217  4e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000977821 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2516  carboxyl transferase domain protein  32.24 
 
 		 513 aa  217  5e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2375  carboxyl transferase domain-containing protein  31.42 
 
 		 513 aa  217  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2332  propionyl-CoA carboxylase  31.42 
 
 		 513 aa  217  5.9999999999999996e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2552  carboxyl transferase domain-containing protein  31.42 
 
 		 513 aa  217  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.953071  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2052  Propionyl-CoA carboxylase  35 
 
 		 518 aa  217  5.9999999999999996e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00336851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2186  Propionyl-CoA carboxylase  33 
 
 		 523 aa  217  5.9999999999999996e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2565  carboxyl transferase domain protein  31.42 
 
 		 513 aa  217  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.89145e-17 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2360  propionyl-CoA carboxylase  32.17 
 
 		 513 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.306025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6415  Propionyl-CoA carboxylase  32.42 
 
 		 506 aa  215  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1593  carboxyl transferase  30.22 
 
 		 514 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0139637  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1325  carboxyl transferase  32.3 
 
 		 527 aa  214  2.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000015031 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  28.85 
 
 		 512 aa  214  3.9999999999999995e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0403  propionyl-CoA carboxylase  33.88 
 
 		 510 aa  214  4.9999999999999996e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  30.26 
 
 		 537 aa  213  5.999999999999999e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2555  propionyl-CoA carboxylase complex B subunit  30.77 
 
 		 534 aa  213  9e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117382  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2164  propionyl-CoA carboxylase  34.36 
 
 		 522 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.207678  normal  0.196324 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1281  carboxyl transferase  31.12 
 
 		 527 aa  213  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  31.15 
 
 		 524 aa  211  3e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0379  carboxyl transferase  30.68 
 
 		 514 aa  211  5e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.184287  normal  0.887348 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0212  carboxyl transferase  29.72 
 
 		 515 aa  210  6e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0027  propionyl-CoA carboxylase  32.29 
 
 		 510 aa  209  8e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6937  propionyl-CoA carboxylase beta subunit  31.24 
 
 		 559 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.100753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0214  carboxyl transferase  29.52 
 
 		 515 aa  207  4e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2212  Propionyl-CoA carboxylase  34.1 
 
 		 513 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.000980367  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4230  carboxyl transferase  29.83 
 
 		 552 aa  207  4e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551859  normal  0.395293 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4130  carboxyl transferase  29.75 
 
 		 530 aa  207  5e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0821  carboxyl transferase  30.55 
 
 		 536 aa  206  8e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588825  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0335  carboxyl transferase  32 
 
 		 514 aa  206  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.868559  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0317  carboxyl transferase  31.8 
 
 		 514 aa  206  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1320  carboxyl transferase  29.62 
 
 		 530 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00164381  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1489  carboxyl transferase  28.94 
 
 		 518 aa  205  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.810044  normal  0.0441726 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0700  carboxyl transferase  31.44 
 
 		 531 aa  204  3e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.810443 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1621  Propionyl-CoA carboxylase  30.2 
 
 		 513 aa  204  3e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0033  propionyl-CoA carboxylase  31.45 
 
 		 510 aa  204  3e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  29.64 
 
 		 529 aa  204  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1646  propionyl-CoA carboxylase  32.83 
 
 		 524 aa  204  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1738  carboxyl transferase  29.8 
 
 		 516 aa  204  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2300  Sigma 54 interacting domain protein  33.89 
 
 		 513 aa  203  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.535149  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0802  carboxyl transferase  30.92 
 
 		 527 aa  203  8e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000659561 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05890  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  31.07 
 
 		 527 aa  203  8e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  31.19 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6732  carboxyl transferase  30.13 
 
 		 520 aa  202  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0447  acyl CoA biotin-dependant carboxyltransferase  31.36 
 
 		 516 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3495  carboxyl transferase  28.95 
 
 		 540 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0424  carboxyl transferase  31.17 
 
 		 516 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2573  carboxyl transferase  30.49 
 
 		 516 aa  202  1.9999999999999998e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.455501 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_389  acyl-CoA biotin-dependant carboxyltransferase  30.88 
 
 		 516 aa  201  3e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.839187  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05890  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  28.11 
 
 		 546 aa  201  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.35884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0999  carboxyl transferase  30.28 
 
 		 527 aa  200  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4157  carboxyl transferase  33.83 
 
 		 475 aa  200  6e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.491948 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1021  carboxyl transferase  31.78 
 
 		 531 aa  200  7e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0944  propionyl-CoA carboxylase  30.35 
 
 		 516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4102  carboxyl transferase  29.8 
 
 		 516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.09097  normal  0.079173 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1906  carboxyl transferase  30.98 
 
 		 527 aa  198  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.187431  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21120  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  29.76 
 
 		 529 aa  199  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0918457  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1363  carboxyl transferase  29.11 
 
 		 508 aa  198  2.0000000000000003e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00300636  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6390  carboxyl transferase  30.7 
 
 		 543 aa  199  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0531526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>