More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0228 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1636  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  88.21 
 
 		 1103 aa  1897    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3940  biotin carboxylase  58.58 
 
 		 1095 aa  1256    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2413  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  59.95 
 
 		 1103 aa  1306    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1862  carboxyl transferase  58.2 
 
 		 602 aa  645    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00333639  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2997  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  57.74 
 
 		 1112 aa  1181    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717985  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3892  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  54.11 
 
 		 1105 aa  1085    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.222877  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1872  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  49.68 
 
 		 1054 aa  906    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2019  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  59.22 
 
 		 1103 aa  1258    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2692  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  61.04 
 
 		 1091 aa  1330    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.246578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4464  pyruvate carboxylase., methylmalonyl-CoA carboxytransferase  54.55 
 
 		 1067 aa  1084    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0495259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0228  pyruvate carboxylase  100 
 
 		 1102 aa  2230    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3899  propionyl-CoA carboxylase  54.26 
 
 		 610 aa  652    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0325  putative carbamoyl-phosphate synthase/carboxyltransferase  46.64 
 
 		 1033 aa  924    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00413632  normal  0.277217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0602  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  91.92 
 
 		 1102 aa  1986    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4069  acetyl-CoA carboxylase (biotin carboxylase and carboxyl transferase domains) / biotin carboxyl carrier protein  55.42 
 
 		 1126 aa  1125    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0299228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4971  putative carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  54.12 
 
 		 1152 aa  1053    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.266349  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3842  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  57.99 
 
 		 1090 aa  1269    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2867  pyruvate carboxylase, propionyl-CoA carboxylase  53.5 
 
 		 1094 aa  1190    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1889  propionyl-CoA carboxylase  60.96 
 
 		 519 aa  665    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46320  putative pyruvate carboxylase  58.01 
 
 		 1095 aa  1229    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.948302  normal  0.0234216 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1682  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  53.65 
 
 		 1097 aa  1063    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4792  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  56.46 
 
 		 1098 aa  1177    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1073  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  53.53 
 
 		 1097 aa  1083    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.398596 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2712  carboxyl transferase  54.23 
 
 		 524 aa  555  1e-156  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0757047  normal  0.0196449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2710  propionyl-CoA carboxylase  55.77 
 
 		 503 aa  547  1e-154  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.595961  normal  0.61988 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2679  propionyl-CoA carboxylase  55.58 
 
 		 503 aa  546  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2724  propionyl-CoA carboxylase  55.58 
 
 		 503 aa  546  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.173098 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0066  propionyl-CoA carboxylase  56.19 
 
 		 519 aa  546  1e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1271  propionyl-CoA carboxylase  46.68 
 
 		 600 aa  525  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0781  propionyl-CoA carboxylase  53.99 
 
 		 518 aa  519  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.576525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  49.35 
 
 		 1147 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  47.28 
 
 		 1148 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  47.28 
 
 		 1148 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  47.71 
 
 		 1148 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  47.4 
 
 		 1148 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  47.71 
 
 		 1148 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  47.49 
 
 		 1148 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  47.28 
 
 		 1148 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  47.71 
 
 		 1148 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  47.28 
 
 		 1148 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  49.03 
 
 		 1147 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  47.71 
 
 		 1148 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  47.28 
 
 		 1148 aa  399  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  48.03 
 
 		 1150 aa  394  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  48.03 
 
 		 1150 aa  394  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  46.85 
 
 		 1147 aa  388  1e-106  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3292  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  42.63 
 
 		 577 aa  386  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5381  biotin carboxylase/biotin carboxyl carrier protein  41.08 
 
 		 579 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1043  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  43.6 
 
 		 476 aa  377  1e-103  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09250  pyruvate carboxylase  48.15 
 
 		 1127 aa  378  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.582484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0500  carbamoyl-phosphate synthase subunit L  41.88 
 
 		 577 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.193791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0868  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  42.16 
 
 		 577 aa  376  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3510  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  44.39 
 
 		 583 aa  373  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.866354  normal  0.682914 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0029  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  45.05 
 
 		 450 aa  374  1e-102  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00270537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1142  pyruvate carboxylase  46.58 
 
 		 1146 aa  375  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0248368  normal  0.044238 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  43.99 
 
 		 1169 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1943  pyruvate carboxylase  47.9 
 
 		 1131 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.845538  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2022  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  44.13 
 
 		 446 aa  371  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0711095  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1989  pyruvate carboxylase  47.9 
 
 		 1131 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0675  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.02 
 
 		 452 aa  368  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  45.13 
 
 		 1158 aa  369  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2557  putative acyl-CoA carboxylase, alpha subunit  38.87 
 
 		 587 aa  367  1e-100  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2451  carbamoyl-phosphate synthase subunit L  42.13 
 
 		 576 aa  369  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0140517  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4784  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  40.1 
 
 		 599 aa  368  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0290  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  44.3 
 
 		 448 aa  369  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1923  pyruvate carboxylase  47.9 
 
 		 1128 aa  370  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1289  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding protein  39.11 
 
 		 602 aa  369  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.252747  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3329  pyruvate carboxylase  45.22 
 
 		 1158 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1325  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  39.11 
 
 		 602 aa  369  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  45.13 
 
 		 1158 aa  369  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0323  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  40.4 
 
 		 588 aa  369  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1729  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  38.59 
 
 		 610 aa  368  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1306  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  39.11 
 
 		 602 aa  369  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0707012  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1012  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  39.35 
 
 		 600 aa  366  1e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.412146  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05850  acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  39.13 
 
 		 591 aa  367  1e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.79631 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6396  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  40.37 
 
 		 588 aa  366  1e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4597  pyruvate carboxylase  44.7 
 
 		 1157 aa  365  2e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2485  pyruvate carboxylase  45.43 
 
 		 1145 aa  365  3e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3139  pyruvate carboxylase  40.84 
 
 		 1184 aa  365  3e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0321  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.83 
 
 		 447 aa  365  3e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0373504  normal  0.0139821 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  44.88 
 
 		 1146 aa  365  3e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0677  pyruvate carboxylase  46.19 
 
 		 1154 aa  365  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00418471 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  45.43 
 
 		 1137 aa  365  3e-99  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0516  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  46.61 
 
 		 447 aa  364  4e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0701369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0198  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.74 
 
 		 447 aa  364  4e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000243254  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1598  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.91 
 
 		 446 aa  364  5.0000000000000005e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000269909  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2052  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  44.44 
 
 		 447 aa  364  5.0000000000000005e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0972  pyruvate carboxylase  46.27 
 
 		 1165 aa  364  5.0000000000000005e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5245  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.08 
 
 		 447 aa  364  6e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1455  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  45.18 
 
 		 449 aa  363  7.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2995  pyruvate carboxylase  45.28 
 
 		 1149 aa  363  8e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5754  pyruvate carboxylase  44.15 
 
 		 1169 aa  363  8e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2781  pyruvate carboxylase  45.24 
 
 		 1146 aa  363  9e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0051  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase  47.26 
 
 		 448 aa  362  1e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1547  pyruvate carboxylase  49.23 
 
 		 1132 aa  363  1e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.108639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5726  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  41.25 
 
 		 575 aa  363  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.835782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1816  pyruvate carboxylase  47.58 
 
 		 1129 aa  363  1e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  45.14 
 
 		 1164 aa  363  1e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1511  pyruvate carboxylase subunit A  44.37 
 
 		 472 aa  363  1e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.473143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1426  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  44.96 
 
 		 449 aa  363  1e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>