More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2867 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1073  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  50.45 
 
 		 1097 aa  1013    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.398596 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2867  pyruvate carboxylase, propionyl-CoA carboxylase  100 
 
 		 1094 aa  2251    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3842  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  59.16 
 
 		 1090 aa  1298    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2997  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  52.28 
 
 		 1112 aa  1106    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717985  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3892  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  49.19 
 
 		 1105 aa  981    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.222877  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4792  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  51.59 
 
 		 1098 aa  1051    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3940  biotin carboxylase  58.36 
 
 		 1095 aa  1287    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2692  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  52.56 
 
 		 1091 aa  1133    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.246578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2413  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  53.22 
 
 		 1103 aa  1145    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1636  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  53.49 
 
 		 1103 aa  1140    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0228  pyruvate carboxylase  53.5 
 
 		 1102 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2019  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  52.54 
 
 		 1103 aa  1096    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4464  pyruvate carboxylase., methylmalonyl-CoA carboxytransferase  48.22 
 
 		 1067 aa  932    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0495259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0325  putative carbamoyl-phosphate synthase/carboxyltransferase  44.35 
 
 		 1033 aa  879    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00413632  normal  0.277217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0602  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  53.22 
 
 		 1102 aa  1125    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4069  acetyl-CoA carboxylase (biotin carboxylase and carboxyl transferase domains) / biotin carboxyl carrier protein  48.92 
 
 		 1126 aa  995    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0299228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4971  putative carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.88 
 
 		 1152 aa  957    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.266349  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1682  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  49.82 
 
 		 1097 aa  983    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46320  putative pyruvate carboxylase  58.67 
 
 		 1095 aa  1273    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.948302  normal  0.0234216 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1872  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  45.45 
 
 		 1054 aa  845    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3899  propionyl-CoA carboxylase  51.22 
 
 		 610 aa  612  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1889  propionyl-CoA carboxylase  55.58 
 
 		 519 aa  600  1e-170  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1862  carboxyl transferase  52.79 
 
 		 602 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00333639  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2712  carboxyl transferase  50.77 
 
 		 524 aa  522  1e-146  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0757047  normal  0.0196449 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0066  propionyl-CoA carboxylase  50.3 
 
 		 519 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2710  propionyl-CoA carboxylase  49.8 
 
 		 503 aa  503  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.595961  normal  0.61988 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2724  propionyl-CoA carboxylase  49.61 
 
 		 503 aa  501  1e-140  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.173098 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2679  propionyl-CoA carboxylase  49.61 
 
 		 503 aa  501  1e-140  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1271  propionyl-CoA carboxylase  43.81 
 
 		 600 aa  497  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0781  propionyl-CoA carboxylase  49.9 
 
 		 518 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.576525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  45.22 
 
 		 1147 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  44.49 
 
 		 1148 aa  376  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  43.84 
 
 		 1148 aa  365  2e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  43.84 
 
 		 1148 aa  365  3e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  43.84 
 
 		 1148 aa  364  4e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  43.84 
 
 		 1148 aa  364  4e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  43.41 
 
 		 1148 aa  364  5.0000000000000005e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3015  pyruvate carboxylase  42.71 
 
 		 1148 aa  364  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.240304  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  43.63 
 
 		 1148 aa  364  6e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  43.63 
 
 		 1148 aa  364  6e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  43.63 
 
 		 1148 aa  363  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  43.41 
 
 		 1148 aa  363  8e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  44.13 
 
 		 1147 aa  363  1e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  43.63 
 
 		 1148 aa  362  2e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0587  acetyl-CoA carboxylase subunit A  42.36 
 
 		 480 aa  362  3e-98  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000689171  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3215  pyruvate carboxylase  41.98 
 
 		 1148 aa  361  5e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3114  pyruvate carboxylase  42.28 
 
 		 1148 aa  360  8e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.558705  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  42.6 
 
 		 1150 aa  359  9.999999999999999e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  42.6 
 
 		 1150 aa  359  9.999999999999999e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1360  pyruvate carboxylase  44.23 
 
 		 1147 aa  358  3.9999999999999996e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0615601 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1181  acetyl-CoA carboxylase subunit A  42.92 
 
 		 481 aa  357  5e-97  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.102118  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2811  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.54 
 
 		 445 aa  357  5e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387379 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1056  acetyl-CoA carboxylase subunit A  42.92 
 
 		 481 aa  357  5e-97  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2512  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.54 
 
 		 445 aa  357  5.999999999999999e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  42.29 
 
 		 1147 aa  357  7.999999999999999e-97  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2549  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.54 
 
 		 445 aa  357  7.999999999999999e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.569347  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0029  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  42.67 
 
 		 450 aa  356  1e-96  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00270537  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2591  pyruvate carboxylase subunit A  41.37 
 
 		 471 aa  355  2e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2995  pyruvate carboxylase  42.92 
 
 		 1149 aa  356  2e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2286  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.54 
 
 		 445 aa  355  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2604  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.32 
 
 		 445 aa  354  4e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.189257  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0745  acetyl-CoA carboxylase subunit A  42.7 
 
 		 481 aa  354  4e-96  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2328  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.54 
 
 		 445 aa  354  5e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.611182  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1840  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  41.63 
 
 		 450 aa  354  5e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2370  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.32 
 
 		 445 aa  352  1e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.17472  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2548  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.32 
 
 		 445 aa  352  1e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2561  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.32 
 
 		 445 aa  353  1e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5537800000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2356  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  41.76 
 
 		 445 aa  353  1e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.488234  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2718  pyruvate carboxylase subunit A  40.93 
 
 		 471 aa  352  2e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1803  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.76 
 
 		 445 aa  352  2e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.220445  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01241  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.13 
 
 		 447 aa  352  3e-95  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.114391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4148  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  40.58 
 
 		 448 aa  352  3e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4207  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  36.24 
 
 		 588 aa  350  6e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1423  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  41.69 
 
 		 447 aa  350  6e-95  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  43.17 
 
 		 1146 aa  350  7e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0521  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  41.01 
 
 		 448 aa  350  7e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0922671  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00681  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  41.33 
 
 		 448 aa  350  8e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0765  pyruvate carboxylase  43.3 
 
 		 1154 aa  350  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.531635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2090  pyruvate carboxylase  43.3 
 
 		 1154 aa  349  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4144  pyruvate carboxylase  42.2 
 
 		 1144 aa  349  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5245  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  41.11 
 
 		 447 aa  349  2e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02355  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  42.7 
 
 		 458 aa  349  2e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0864761  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0290  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  41.65 
 
 		 448 aa  349  2e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0677  pyruvate carboxylase  43.3 
 
 		 1154 aa  348  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00418471 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2485  pyruvate carboxylase  42.29 
 
 		 1145 aa  348  3e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1915  pyruvate carboxylase subunit A  42.57 
 
 		 472 aa  348  4e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  42.6 
 
 		 1137 aa  348  4e-94  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00721  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  40.09 
 
 		 449 aa  345  2.9999999999999997e-93  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.249054  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0516  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  41.43 
 
 		 447 aa  344  4e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0701369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0235  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  39.87 
 
 		 448 aa  343  1e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00711  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  39.78 
 
 		 449 aa  343  1e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  41.29 
 
 		 1158 aa  343  1e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  41.29 
 
 		 1158 aa  343  1e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49339  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  41.63 
 
 		 1264 aa  343  1e-92  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  41.47 
 
 		 1169 aa  343  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0051  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase  41.65 
 
 		 448 aa  343  2e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0402  pyruvate carboxylase  40.38 
 
 		 1147 aa  342  2e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2677  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  40.89 
 
 		 447 aa  342  2e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.229585  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0716  hypothetical protein  41.16 
 
 		 454 aa  342  2.9999999999999998e-92  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.404777 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03221  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  41.11 
 
 		 448 aa  341  4e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>