More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0602 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2867  pyruvate carboxylase, propionyl-CoA carboxylase  53.22 
 
 		 1094 aa  1189    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2997  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  57.58 
 
 		 1112 aa  1178    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717985  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3892  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  54.63 
 
 		 1105 aa  1095    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.222877  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1889  propionyl-CoA carboxylase  61.92 
 
 		 519 aa  672    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1682  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  53.34 
 
 		 1097 aa  1061    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4792  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  55.74 
 
 		 1098 aa  1167    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0228  pyruvate carboxylase  91.92 
 
 		 1102 aa  1999    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2413  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  59.98 
 
 		 1103 aa  1290    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.370889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3899  propionyl-CoA carboxylase  54.34 
 
 		 610 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0325  putative carbamoyl-phosphate synthase/carboxyltransferase  46.73 
 
 		 1033 aa  927    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00413632  normal  0.277217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0602  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  100 
 
 		 1102 aa  2226    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2019  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  59.62 
 
 		 1103 aa  1255    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4069  acetyl-CoA carboxylase (biotin carboxylase and carboxyl transferase domains) / biotin carboxyl carrier protein  55.78 
 
 		 1126 aa  1144    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0299228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4971  putative carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  54.09 
 
 		 1152 aa  1067    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.266349  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3842  pyruvate carboxylase., propionyl-CoA carboxylase  59.53 
 
 		 1090 aa  1293    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3940  biotin carboxylase  59.2 
 
 		 1095 aa  1255    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46320  putative pyruvate carboxylase  57.86 
 
 		 1095 aa  1226    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.948302  normal  0.0234216 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1862  carboxyl transferase  59.02 
 
 		 602 aa  661    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00333639  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4464  pyruvate carboxylase., methylmalonyl-CoA carboxytransferase  55.06 
 
 		 1067 aa  1083    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0495259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1872  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  51.15 
 
 		 1054 aa  926    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1636  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  88.4 
 
 		 1103 aa  1903    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2692  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  61.12 
 
 		 1091 aa  1331    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.246578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1073  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  53.62 
 
 		 1097 aa  1093    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.398596 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2712  carboxyl transferase  54.62 
 
 		 524 aa  569  1e-161  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0757047  normal  0.0196449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2710  propionyl-CoA carboxylase  55.77 
 
 		 503 aa  551  1e-155  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.595961  normal  0.61988 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2679  propionyl-CoA carboxylase  55.58 
 
 		 503 aa  550  1e-155  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2724  propionyl-CoA carboxylase  55.58 
 
 		 503 aa  550  1e-155  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.173098 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0066  propionyl-CoA carboxylase  55.98 
 
 		 519 aa  548  1e-154  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1271  propionyl-CoA carboxylase  46.73 
 
 		 600 aa  526  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0781  propionyl-CoA carboxylase  53.61 
 
 		 518 aa  526  1e-148  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.576525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  47.62 
 
 		 1148 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  47.06 
 
 		 1148 aa  403  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  47.06 
 
 		 1148 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  47.06 
 
 		 1148 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  48.27 
 
 		 1147 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  46.84 
 
 		 1148 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  47.06 
 
 		 1148 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  46.84 
 
 		 1148 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  47.06 
 
 		 1148 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  46.84 
 
 		 1148 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  46.84 
 
 		 1148 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  46.84 
 
 		 1148 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  48.16 
 
 		 1147 aa  398  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  47.05 
 
 		 1150 aa  389  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  47.05 
 
 		 1150 aa  389  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  46.17 
 
 		 1147 aa  384  1e-105  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5381  biotin carboxylase/biotin carboxyl carrier protein  42.03 
 
 		 579 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0500  carbamoyl-phosphate synthase subunit L  42.09 
 
 		 577 aa  382  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.193791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09250  pyruvate carboxylase  48.7 
 
 		 1127 aa  382  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.582484 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3292  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  42.11 
 
 		 577 aa  383  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0290  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  44.86 
 
 		 448 aa  376  1e-102  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2451  carbamoyl-phosphate synthase subunit L  42.21 
 
 		 576 aa  376  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0140517  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0868  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  42.68 
 
 		 577 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1142  pyruvate carboxylase  46.27 
 
 		 1146 aa  374  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0248368  normal  0.044238 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3510  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  44.73 
 
 		 583 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.866354  normal  0.682914 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1043  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  42.14 
 
 		 476 aa  372  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0029  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  44.62 
 
 		 450 aa  370  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00270537  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1923  pyruvate carboxylase  48.57 
 
 		 1128 aa  372  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5726  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  41.94 
 
 		 575 aa  372  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.835782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1943  pyruvate carboxylase  48.57 
 
 		 1131 aa  372  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.845538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0675  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  47.8 
 
 		 452 aa  370  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5245  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.96 
 
 		 447 aa  370  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1989  pyruvate carboxylase  48.57 
 
 		 1131 aa  372  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1423  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  44.13 
 
 		 447 aa  369  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  44.7 
 
 		 1169 aa  369  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0421  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  44.13 
 
 		 448 aa  367  1e-100  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0321  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  44.05 
 
 		 447 aa  369  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0373504  normal  0.0139821 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01241  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  44.13 
 
 		 447 aa  368  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.114391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6396  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  39.77 
 
 		 588 aa  368  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1816  pyruvate carboxylase  48.79 
 
 		 1129 aa  367  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2022  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.7 
 
 		 446 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0711095  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0323  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  40.03 
 
 		 588 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0972  pyruvate carboxylase  46.15 
 
 		 1165 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00711  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.98 
 
 		 449 aa  365  2e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0792  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  39.8 
 
 		 583 aa  365  2e-99  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727726 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1826  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.7 
 
 		 446 aa  365  3e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000136846  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0516  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  45.73 
 
 		 447 aa  365  3e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0701369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0062  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  43.2 
 
 		 448 aa  365  3e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10083  pyruvate carboxylase  42.67 
 
 		 1150 aa  365  3e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.667166  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5845  biotin carboxylase  40.47 
 
 		 578 aa  363  7.0000000000000005e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.249832  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  45.14 
 
 		 1164 aa  363  7.0000000000000005e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2557  putative acyl-CoA carboxylase, alpha subunit  37.58 
 
 		 587 aa  363  1e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00721  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  42.76 
 
 		 449 aa  363  1e-98  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.249054  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2781  pyruvate carboxylase  45.45 
 
 		 1146 aa  363  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2019  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.26 
 
 		 446 aa  362  2e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.274625  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0984  biotin carboxylase / acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  43.7 
 
 		 446 aa  362  2e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000016105  normal  0.0128167 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  45 
 
 		 1137 aa  362  2e-98  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4597  pyruvate carboxylase  43.43 
 
 		 1157 aa  362  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1598  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  43.26 
 
 		 446 aa  362  3e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000269909  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3094  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding protein  38.62 
 
 		 611 aa  362  3e-98  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00681  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  43.48 
 
 		 448 aa  361  4e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4784  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  38.85 
 
 		 599 aa  361  5e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1012  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  39.51 
 
 		 600 aa  361  5e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.412146  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2052  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  43.57 
 
 		 447 aa  361  5e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  43.86 
 
 		 1158 aa  360  6e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  43.86 
 
 		 1158 aa  360  6e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  45.1 
 
 		 1146 aa  360  6e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1660  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  42.42 
 
 		 445 aa  360  7e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05850  acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  38 
 
 		 591 aa  360  7e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.79631 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00691  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  43.2 
 
 		 449 aa  360  9.999999999999999e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.36167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>