73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1680 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  100 
 
 		 124 aa  256  8e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  51.2 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  50 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  55.26 
 
 		 131 aa  98.2  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  51.9 
 
 		 112 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  51.85 
 
 		 129 aa  91.3  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  56.72 
 
 		 109 aa  90.5  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  53.73 
 
 		 112 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  48.72 
 
 		 146 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  42.61 
 
 		 116 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  50 
 
 		 106 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  45.22 
 
 		 113 aa  83.6  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  48.15 
 
 		 100 aa  83.2  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  42.02 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  41.18 
 
 		 148 aa  80.5  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  46.07 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  40.52 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  42.02 
 
 		 118 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  42.74 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1094  HNH endonuclease domain-containing protein  39.64 
 
 		 115 aa  79.3  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.171371  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  47.22 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  41.03 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2845  HNH endonuclease  41.03 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00270614  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  40.87 
 
 		 118 aa  75.1  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  45.35 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  42.37 
 
 		 116 aa  73.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  40.68 
 
 		 131 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  38.46 
 
 		 119 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  41.53 
 
 		 116 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  41.67 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  37.7 
 
 		 118 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  58.49 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  33.83 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  36.13 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  40.16 
 
 		 115 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2604  HNH endonuclease  37.93 
 
 		 116 aa  65.5  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2291  HNH endonuclease  43.18 
 
 		 89 aa  63.9  0.0000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1331  HNH endonuclease  43.18 
 
 		 89 aa  63.9  0.0000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  34.91 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0873  HNH endonuclease  33.06 
 
 		 117 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.473329  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1716  HNH endonuclease  42.17 
 
 		 89 aa  62  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  33.85 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  35.4 
 
 		 112 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2691  hypothetical protein  48.33 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.824907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  45.59 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  39.13 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  39.13 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  45.59 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2023  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  33.87 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163439  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0335  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  33.87 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.124019  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  30.33 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3862  hypothetical protein  37 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319017 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  36 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1722  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  35.48 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.500096  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0654  HNH endonuclease  44.71 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  42.03 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  41.18 
 
 		 299 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  42.03 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0869  HNH endonuclease domain protein  32.58 
 
 		 116 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000558985  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0668  HNH endonuclease  27.97 
 
 		 174 aa  53.5  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1561  phage holin, putative  34.17 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250556  hitchhiker  0.000211382 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1333  HNH endonuclease  35.25 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1473  HNH endonuclease domain-containing protein  36.47 
 
 		 116 aa  51.6  0.000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.1152  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  42.62 
 
 		 299 aa  50.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2486  HNH endonuclease  36.75 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1627  HNH endonuclease  40.51 
 
 		 253 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  34.04 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1967  hypothetical protein  41.56 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1287  HNH endonuclease  34.57 
 
 		 99 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0545  gp82  35 
 
 		 79 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.719132  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  36.36 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1121  HNH endonuclease  37.5 
 
 		 178 aa  40  0.01  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>