56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3975 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  100 
 
 		 127 aa  262  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  36.89 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  32.76 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  39.83 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  36.13 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  35.48 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0668  HNH endonuclease  31.33 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  34.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  32.76 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  36.21 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1094  HNH endonuclease domain-containing protein  32.8 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.171371  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  37.72 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  31.86 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  33.33 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  34.82 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4096  prophage LambdaBa02, HNH endonuclease family protein  38.2 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3808  prophage LambdaBa02, HNH endonuclease family protein  38.2 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  34.21 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  41.43 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  30.97 
 
 		 119 aa  53.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  33.94 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1473  HNH endonuclease domain-containing protein  32.41 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.1152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  40.54 
 
 		 132 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  35.4 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  33.33 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2845  HNH endonuclease  29.2 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00270614  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  35.29 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  30.09 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  35.82 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  35.82 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  32.74 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1967  hypothetical protein  36 
 
 		 99 aa  47.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  36.23 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  34.78 
 
 		 109 aa  47  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1287  HNH endonuclease  37.1 
 
 		 99 aa  47.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  38.24 
 
 		 129 aa  46.2  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  36.67 
 
 		 107 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  37.88 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  32.97 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1077  HNH endonuclease  31.17 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.687117  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1057  HNH endonuclease  31.17 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.297897  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1331  HNH endonuclease  34.57 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2291  HNH endonuclease  34.57 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  37.5 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0869  HNH endonuclease domain protein  25.24 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000558985  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  33.7 
 
 		 113 aa  42.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1716  HNH endonuclease  36.11 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  34.78 
 
 		 138 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  34.38 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  30.3 
 
 		 120 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  30.3 
 
 		 120 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4388  HNH endonuclease  29.52 
 
 		 105 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3594  HNH endonuclease  29.63 
 
 		 111 aa  40.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529467  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3512  phage-like protein  27.5 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.88204  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  31.68 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2691  hypothetical protein  38.6 
 
 		 134 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.824907  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>