42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6179 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  100 
 
 		 143 aa  300  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  50.96 
 
 		 128 aa  107  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  52.81 
 
 		 112 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  55.41 
 
 		 112 aa  86.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  54.05 
 
 		 109 aa  84  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  45.63 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  49.28 
 
 		 106 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  45.35 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  46.67 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  47.13 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  41.49 
 
 		 125 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  44.57 
 
 		 119 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  40.91 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  41.67 
 
 		 124 aa  72  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  51.43 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  41.67 
 
 		 100 aa  69.7  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  47.13 
 
 		 116 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  51.85 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  39.76 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  48.48 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  39.08 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  44.83 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  35.42 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  44.62 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  42.03 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3862  hypothetical protein  35.42 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319017 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  41.56 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  43.04 
 
 		 131 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2691  hypothetical protein  34.88 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.824907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  42.42 
 
 		 120 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  42.42 
 
 		 120 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  36.36 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  30.77 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  32.97 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  35.63 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  35.63 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1287  HNH endonuclease  33.33 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  42.25 
 
 		 114 aa  42.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  38.38 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  49.02 
 
 		 299 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0873  HNH endonuclease  37.5 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.473329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  47.06 
 
 		 299 aa  40.4  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.237766 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>