58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0985 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  100 
 
 		 116 aa  242  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  100 
 
 		 116 aa  242  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  58.47 
 
 		 138 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  52.63 
 
 		 299 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  51.75 
 
 		 299 aa  117  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  61.63 
 
 		 114 aa  103  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  50.59 
 
 		 145 aa  84  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  49.41 
 
 		 120 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  49.41 
 
 		 120 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  42.86 
 
 		 112 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  42.11 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  41.89 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  42.11 
 
 		 107 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  44.12 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  41.33 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  45.59 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  45.71 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  44.59 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  30 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  43.06 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  42.19 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  42.03 
 
 		 106 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  44.93 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  45 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  41.77 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  47.14 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  43.28 
 
 		 120 aa  50.8  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1121  HNH endonuclease  37.88 
 
 		 178 aa  50.8  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  45.45 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1844  HNH endonuclease  36.92 
 
 		 178 aa  49.3  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2634  HNH endonuclease  40 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  35.82 
 
 		 127 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  46.3 
 
 		 160 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3862  hypothetical protein  56.41 
 
 		 129 aa  47  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319017 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1652  restriction endonuclease  31.4 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1374  gp65  28.92 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0798155 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0656  gp65  28.92 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3594  HNH endonuclease  27.71 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529467  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  37.31 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  39.02 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2705  gp65  28.92 
 
 		 111 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.271328  normal  0.759343 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  30.67 
 
 		 125 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2062  HNH endonuclease  36.49 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0218324  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  35.29 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  35.63 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2025  HNH endonuclease  36.49 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4096  prophage LambdaBa02, HNH endonuclease family protein  31.51 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3808  prophage LambdaBa02, HNH endonuclease family protein  31.51 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  38.89 
 
 		 115 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  39.19 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0212  HNH nuclease  35.62 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307481  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0869  HNH endonuclease domain protein  33.8 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000558985  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  34.88 
 
 		 125 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0461  prophage lambdaba04, gp54  30.56 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0440  prophage LambdaBa04, Gp54  30.56 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.8645  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1473  HNH endonuclease domain-containing protein  32.39 
 
 		 116 aa  41.2  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.1152  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1335  HNH endonuclease  37.18 
 
 		 321 aa  40.8  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.516631  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  43.14 
 
 		 128 aa  40  0.009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>