73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2069 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  100 
 
 
131 aa  268  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  46.22 
 
 
126 aa  107  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  55.26 
 
 
124 aa  97.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  53.25 
 
 
129 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  49.41 
 
 
112 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  54.29 
 
 
112 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  48.24 
 
 
109 aa  84.3  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  48.61 
 
 
148 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  39.81 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  48.57 
 
 
129 aa  80.5  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  44.05 
 
 
143 aa  73.9  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  37.86 
 
 
127 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  40.87 
 
 
120 aa  72  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  64.15 
 
 
160 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  37.74 
 
 
135 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  48.33 
 
 
128 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  49.15 
 
 
106 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  43.16 
 
 
119 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  42.86 
 
 
125 aa  67.8  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  43.68 
 
 
119 aa  68.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2291  HNH endonuclease  42.22 
 
 
89 aa  67.8  0.00000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1331  HNH endonuclease  42.22 
 
 
89 aa  67.8  0.00000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  44.83 
 
 
145 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  40.91 
 
 
116 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  37.93 
 
 
118 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  45.65 
 
 
120 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  45.65 
 
 
120 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1716  HNH endonuclease  41.57 
 
 
89 aa  65.9  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  40 
 
 
119 aa  63.5  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  49.3 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2845  HNH endonuclease  41.05 
 
 
119 aa  62  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00270614  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  37.74 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  34.18 
 
 
125 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  37.74 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  34.48 
 
 
113 aa  61.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1967  hypothetical protein  42.86 
 
 
99 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  41.94 
 
 
119 aa  61.2  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  42.11 
 
 
112 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  42.39 
 
 
138 aa  60.1  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  42.03 
 
 
146 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  40.34 
 
 
115 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0668  HNH endonuclease  38.81 
 
 
174 aa  59.7  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1473  HNH endonuclease domain-containing protein  32.93 
 
 
116 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.1152  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  42.67 
 
 
107 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0869  HNH endonuclease domain protein  32.98 
 
 
116 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000558985  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2691  hypothetical protein  37.08 
 
 
134 aa  57.8  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.824907  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  40.26 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  33.61 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  40.7 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  32.65 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  39.19 
 
 
299 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1121  HNH endonuclease  33.33 
 
 
178 aa  52  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  39.19 
 
 
299 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  32.56 
 
 
127 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1287  HNH endonuclease  39.39 
 
 
99 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267198  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4388  HNH endonuclease  31.76 
 
 
105 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  40.24 
 
 
131 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1077  HNH endonuclease  31.94 
 
 
104 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.687117  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1057  HNH endonuclease  31.94 
 
 
104 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.297897  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2505  HNH endonuclease  38.64 
 
 
107 aa  47  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.495122  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1094  HNH endonuclease domain-containing protein  38.33 
 
 
115 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.171371  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2634  HNH endonuclease  36.84 
 
 
110 aa  43.9  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017055  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2025  HNH endonuclease  30.86 
 
 
99 aa  42.7  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2062  HNH endonuclease  30.86 
 
 
99 aa  42.7  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0218324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1627  HNH endonuclease  37.5 
 
 
253 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543288  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  34.09 
 
 
112 aa  40.8  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  39.39 
 
 
118 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  42.03 
 
 
116 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1652  restriction endonuclease  25 
 
 
146 aa  40.4  0.008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0335  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  28.04 
 
 
117 aa  40.4  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.124019  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0212  HNH nuclease  34.67 
 
 
113 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307481  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2023  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  27.5 
 
 
117 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  44.29 
 
 
116 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>