47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2072 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  100 
 
 
299 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  94.28 
 
 
299 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  60.17 
 
 
138 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  52.63 
 
 
116 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  52.63 
 
 
116 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  45.61 
 
 
114 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1627  HNH endonuclease  33.17 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543288  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  51.22 
 
 
145 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  48.68 
 
 
107 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  47.56 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  47.56 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  40.35 
 
 
112 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  46.05 
 
 
126 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  46.07 
 
 
129 aa  66.2  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  50 
 
 
116 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  51.43 
 
 
119 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  44.93 
 
 
112 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  44.12 
 
 
109 aa  63.2  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  47.37 
 
 
120 aa  58.5  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  45.59 
 
 
113 aa  56.6  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  41.18 
 
 
124 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  44.78 
 
 
118 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  41.03 
 
 
113 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  39.19 
 
 
131 aa  52.8  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  40.91 
 
 
148 aa  52.4  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  47.54 
 
 
106 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  58.97 
 
 
112 aa  51.6  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1652  restriction endonuclease  35.94 
 
 
146 aa  51.2  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  41.27 
 
 
129 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1844  HNH endonuclease  38.46 
 
 
178 aa  50.4  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  45 
 
 
128 aa  49.3  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  50 
 
 
115 aa  46.6  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  39.39 
 
 
125 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3862  hypothetical protein  53.85 
 
 
129 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000319017 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5242  RNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 
587 aa  44.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1129  HNH endonuclease  30 
 
 
271 aa  43.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497129  unclonable  0.00000789585 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1716  HNH endonuclease  34.67 
 
 
89 aa  43.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  47.37 
 
 
112 aa  43.1  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  33.82 
 
 
135 aa  43.1  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  33.33 
 
 
100 aa  43.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  56.41 
 
 
160 aa  42.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1857  prophage LambdaSa2, HNH endonuclease family protein  33.77 
 
 
119 aa  42.7  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4083  HNH endonuclease  37.04 
 
 
116 aa  42.7  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1331  HNH endonuclease  34.67 
 
 
89 aa  42.7  0.007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2291  HNH endonuclease  34.67 
 
 
89 aa  42.7  0.007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_47614  predicted protein  34.55 
 
 
443 aa  42.4  0.01  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.80881  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  49.02 
 
 
143 aa  42.4  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>