63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3883 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  100 
 
 		 106 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  54.35 
 
 		 109 aa  114  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  55.66 
 
 		 130 aa  113  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  54.35 
 
 		 112 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  54.32 
 
 		 112 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  50.56 
 
 		 107 aa  92  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  43.24 
 
 		 125 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  54.17 
 
 		 129 aa  86.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  47.25 
 
 		 145 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  50 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  56.34 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  45.1 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  45.1 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  52.94 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  51.43 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  50 
 
 		 116 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  42.27 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  49.28 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  48.68 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  50.72 
 
 		 113 aa  74.7  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  49.32 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  49.28 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  51.61 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  47.5 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  49.15 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  45.45 
 
 		 115 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  47.22 
 
 		 100 aa  65.5  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  47.14 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3862  hypothetical protein  40.45 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319017 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  51.92 
 
 		 160 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  39.33 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2691  hypothetical protein  39.73 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.824907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0668  HNH endonuclease  39.47 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  42.03 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  42.03 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  41.43 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  49.15 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  39.56 
 
 		 299 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  47.54 
 
 		 299 aa  52  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  43.06 
 
 		 138 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  45.31 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1967  hypothetical protein  35.21 
 
 		 99 aa  50.1  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  36.62 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  36.36 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  40.68 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  36.84 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  36.76 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  35.71 
 
 		 114 aa  44.3  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  41.18 
 
 		 131 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  36.36 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  36.36 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2604  HNH endonuclease  36.78 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1473  HNH endonuclease domain-containing protein  38.33 
 
 		 116 aa  43.9  0.0008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.1152  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0869  HNH endonuclease domain protein  36.51 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000558985  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  39.13 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1094  HNH endonuclease domain-containing protein  35.48 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.171371  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2845  HNH endonuclease  35.06 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00270614  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1331  HNH endonuclease  37.29 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1716  HNH endonuclease  37.29 
 
 		 89 aa  42  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2291  HNH endonuclease  37.29 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  33.33 
 
 		 118 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0654  HNH endonuclease  40.62 
 
 		 111 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1627  HNH endonuclease  36.36 
 
 		 253 aa  40.8  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>