45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1339 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  234  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  39.22 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  40.22 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  42.53 
 
 		 120 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  42.53 
 
 		 120 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  43.94 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  38.67 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  40 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  40.26 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  42.62 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  39.02 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  42.31 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  41.77 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  39.53 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  41.77 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  41.03 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  42.62 
 
 		 112 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  41.98 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  45.31 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  43.08 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  34.04 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  38.89 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  36.17 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2845  HNH endonuclease  40.28 
 
 		 119 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00270614  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  40 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  30.77 
 
 		 143 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0668  HNH endonuclease  31.76 
 
 		 174 aa  45.1  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  33.68 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1077  HNH endonuclease  32.5 
 
 		 104 aa  44.7  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.687117  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1057  HNH endonuclease  32.5 
 
 		 104 aa  44.7  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.297897  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1967  hypothetical protein  34.29 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  31.33 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  32.95 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  32.63 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  35 
 
 		 112 aa  42.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  33.7 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  35.56 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  32.38 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2519  hypothetical protein  39.66 
 
 		 108 aa  42  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684987 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  39.68 
 
 		 120 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  37.31 
 
 		 146 aa  42  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  30.12 
 
 		 127 aa  41.6  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  32.1 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  33.82 
 
 		 116 aa  40.4  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  36.25 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>