38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3982 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  100 
 
 		 115 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  59.46 
 
 		 120 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  53.39 
 
 		 119 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  53.45 
 
 		 118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  50.88 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  48.7 
 
 		 116 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2486  HNH endonuclease  49.47 
 
 		 111 aa  94  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  43.1 
 
 		 112 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0335  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  49.47 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.124019  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1722  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  48.42 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.500096  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2023  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  48.42 
 
 		 117 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163439  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0864  Restriction endonuclease protein  44 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242644  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  35.56 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  47.5 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  44.94 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  45.45 
 
 		 106 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  47.13 
 
 		 112 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  46.34 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  40.16 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  45.98 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  39.29 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  44.83 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  43.42 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  37.5 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  44.58 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  45 
 
 		 299 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  62.5 
 
 		 160 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  38.55 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  34.78 
 
 		 138 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  50 
 
 		 299 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  35.92 
 
 		 125 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  38.89 
 
 		 116 aa  42.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  38.89 
 
 		 116 aa  42.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  35.71 
 
 		 112 aa  42  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  44 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  48.84 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  37.33 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  37.33 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>