60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2969 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2969  prophage LambdaSo, holin, putative  100 
 
 
109 aa  230  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2598  HNH endonuclease  89.09 
 
 
112 aa  206  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0728832  normal  0.0292446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0538  hypothetical protein  57.3 
 
 
129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3883  phage holin, putative  54.35 
 
 
106 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4460  Gp74  47.22 
 
 
125 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000225902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3948  HNH endonuclease  51.16 
 
 
112 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1614  HNH endonuclease  46.15 
 
 
130 aa  99.4  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.976423  normal  0.336979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3405  HNH endonuclease  48.31 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000231641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  56.72 
 
 
124 aa  90.5  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1992  hypothetical protein  43.48 
 
 
145 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538267  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  55.07 
 
 
129 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2355  HNH nuclease / phage phi-105 holin-like protein  53.75 
 
 
116 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206225  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  59.02 
 
 
126 aa  84.3  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6179  prophage LambdaSo holin  54.05 
 
 
143 aa  84  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2069  HNH endonuclease  52.11 
 
 
131 aa  83.6  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185468 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0466  phage holin protein  44.44 
 
 
148 aa  83.6  8e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.351052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1892  HNH endonuclease  50 
 
 
113 aa  82.4  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.989939  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1480  HNH endonuclease  52.5 
 
 
120 aa  80.1  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1362  HNH endonuclease  50.62 
 
 
118 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.858411  normal  0.39996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2617  hypothetical protein  37.04 
 
 
120 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4278  hypothetical protein  37.04 
 
 
120 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1548  hypothetical protein  41.57 
 
 
128 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4248  HNH endonuclease  44.83 
 
 
100 aa  76.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0279  HNH endonuclease  44.3 
 
 
119 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5470  hypothetical protein  44.59 
 
 
112 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3862  hypothetical protein  36.19 
 
 
129 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000319017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3982  HNH endonuclease  44.94 
 
 
115 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  37.93 
 
 
132 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1748  HNH endonuclease  45.21 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1042  59R  36.54 
 
 
112 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143051  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2072  putative Phage-related holin protein  44.12 
 
 
299 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3313  HNH endonuclease  44.12 
 
 
299 aa  61.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.237766 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1652  hypothetical protein  51.06 
 
 
160 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0955  HNH endonuclease family protein  47.62 
 
 
146 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0985  HNH endonuclease  44.12 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0356  HNH endonuclease  44.12 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2691  hypothetical protein  33.33 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.824907  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1339  hypothetical protein  42.62 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.891633  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0654  HNH endonuclease  40.96 
 
 
111 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0235  hypothetical protein  42.86 
 
 
114 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0668  HNH endonuclease  37.29 
 
 
174 aa  50.8  0.000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2291  HNH endonuclease  43.66 
 
 
89 aa  49.3  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1716  HNH endonuclease  43.66 
 
 
89 aa  49.3  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1331  HNH endonuclease  43.66 
 
 
89 aa  49.3  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  40.58 
 
 
135 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  36.59 
 
 
125 aa  48.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  36.76 
 
 
131 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3975  HNH endonuclease  34.78 
 
 
127 aa  47  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1967  hypothetical protein  36.11 
 
 
99 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  39.47 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  37.68 
 
 
116 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1057  HNH endonuclease  38.98 
 
 
104 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.297897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  36.92 
 
 
119 aa  42.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  40.91 
 
 
118 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  37.68 
 
 
116 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1077  HNH endonuclease  38.98 
 
 
104 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.687117  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2604  HNH endonuclease  40 
 
 
116 aa  42  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  35.48 
 
 
118 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  31.75 
 
 
119 aa  40.8  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  27.78 
 
 
119 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>