37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1561 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1561  phage holin, putative  100 
 
 		 122 aa  248  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250556  hitchhiker  0.000211382 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1333  HNH endonuclease  95.9 
 
 		 122 aa  236  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  44.83 
 
 		 116 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  44.83 
 
 		 116 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  43.59 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2604  HNH endonuclease  43.1 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  45.45 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1094  HNH endonuclease domain-containing protein  36.94 
 
 		 115 aa  75.5  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.171371  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1241  HNH endonuclease  37.5 
 
 		 119 aa  71.6  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000698354  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  35.9 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0069  HNH endonuclease domain-containing protein  34.55 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0389  HNH endonuclease domain-containing protein  37.5 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2845  HNH endonuclease  35.83 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00270614  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4118  HNH endonuclease  54.05 
 
 		 101 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.541887 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7134  HNH endonuclease  38.14 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212331  hitchhiker  0.0000400861 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2619  HNH endonuclease  31.82 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00254918  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6248  putative class I holin  44.78 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0694977  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1680  phage phi-105 holin-like protein  34.17 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.376636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1627  HNH endonuclease  41.1 
 
 		 253 aa  51.2  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1731  HNH endonuclease  29.17 
 
 		 126 aa  50.4  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0621  HNH endonuclease  33.33 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0654  HNH endonuclease  46.15 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0873  HNH endonuclease  33.33 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.473329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1690  HNH nuclease  39.68 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.927888 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0545  gp82  35.44 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.719132  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1718  Gp60  40.91 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4314  HNH endonuclease  31.97 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0932405  normal  0.674524 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3875  HNH endonuclease  31.97 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.126583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3802  HNH endonuclease  31.97 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.142471  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3026  HNH endonuclease  42.86 
 
 		 552 aa  43.9  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.409509  normal  0.0700786 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2598  HNH endonuclease  28.57 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  30.95 
 
 		 635 aa  41.2  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  30.95 
 
 		 635 aa  41.2  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2505  HNH endonuclease  38.81 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.495122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4208  HNH endonuclease  35.09 
 
 		 80 aa  40.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4247  HNH endonuclease  35.09 
 
 		 80 aa  40.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000000485502  hitchhiker  0.0000000423624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4561  HNH endonuclease  33.33 
 
 		 81 aa  40.4  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>