18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_6248 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_6248  putative class I holin  100 
 
 
126 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0694977  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0654  HNH endonuclease  38.04 
 
 
111 aa  52.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1561  phage holin, putative  44.78 
 
 
122 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250556  hitchhiker  0.000211382 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1677  gp70  40 
 
 
118 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.315524  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1660  HNH endonuclease  38.46 
 
 
131 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1333  HNH endonuclease  41.43 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1627  HNH endonuclease  34.57 
 
 
253 aa  47.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543288  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2249  HNH endonuclease  31.37 
 
 
121 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000074902 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2895  HNH endonuclease  31.37 
 
 
121 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000896232 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2273  HNH endonuclease  43.33 
 
 
116 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0446972  hitchhiker  0.0000000000000086508 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0977  HNH endonuclease  52.5 
 
 
200 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.592566  hitchhiker  0.000615877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2269  HnhC  41.67 
 
 
116 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180457  normal  0.139619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4118  HNH endonuclease  41.51 
 
 
101 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.541887 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0824  HNH endonuclease  40.91 
 
 
276 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00962018  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5153  HNH endonuclease  34.29 
 
 
132 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1641  HNH endonuclease  38.18 
 
 
119 aa  41.6  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2604  HNH endonuclease  40.98 
 
 
116 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1287  HNH endonuclease  40.62 
 
 
99 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267198  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>