60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3697 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3697  hypothetical protein  100 
 
 
291 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1800  hypothetical protein  91.2 
 
 
285 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.389981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3937  hypothetical protein  91.55 
 
 
285 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6665  hypothetical protein  72.89 
 
 
283 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.734911 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4267  hypothetical protein  76.84 
 
 
283 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2579  hypothetical protein  55.63 
 
 
285 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4111  hypothetical protein  54.8 
 
 
277 aa  308  6.999999999999999e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1345  hypothetical protein  52.96 
 
 
284 aa  294  9e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0167  hypothetical protein  53.02 
 
 
278 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0310033  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0148  hypothetical protein  53.02 
 
 
278 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6786  hypothetical protein  49.82 
 
 
283 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2851  hypothetical protein  50.55 
 
 
277 aa  255  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901774  normal  0.823154 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3538  hypothetical protein  49.66 
 
 
287 aa  255  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1241  hypothetical protein  48.25 
 
 
294 aa  255  5e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.271963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5229  hypothetical protein  51.99 
 
 
279 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.422973  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2143  hypothetical protein  50.5 
 
 
300 aa  248  7e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00882524 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3897  hypothetical protein  50.53 
 
 
286 aa  248  9e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.882849  normal  0.233489 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0584  hypothetical protein  49.49 
 
 
294 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0119  hypothetical protein  47.78 
 
 
301 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.267276 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0137  hypothetical protein  47.78 
 
 
301 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6604  hypothetical protein  48.2 
 
 
280 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.316689  normal  0.0307895 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2585  hypothetical protein  47.48 
 
 
280 aa  237  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404752  normal  0.257167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0197  hypothetical protein  48.8 
 
 
301 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7720  hypothetical protein  47.12 
 
 
286 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0575  hypothetical protein  45.52 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.370327  normal  0.299946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2026  hypothetical protein  47.55 
 
 
302 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6175  hypothetical protein  47.84 
 
 
286 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5811  hypothetical protein  47.84 
 
 
286 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.166899  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6655  hypothetical protein  47.84 
 
 
286 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6893  hypothetical protein  47.18 
 
 
285 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3808  hypothetical protein  46.67 
 
 
285 aa  229  5e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4554  hypothetical protein  46.67 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3484  hypothetical protein  46.62 
 
 
281 aa  225  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3045  hypothetical protein  46.99 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283051  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2415  hypothetical protein  45.8 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129818 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7300  hypothetical protein  49.1 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6271  hypothetical protein  48.51 
 
 
285 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0656  hypothetical protein  46.84 
 
 
278 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1693  hypothetical protein  44.64 
 
 
278 aa  211  9e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612367  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4807  hypothetical protein  42.57 
 
 
349 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.132586  normal  0.0662213 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5975  hypothetical protein  47.19 
 
 
281 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2172  hypothetical protein  44.15 
 
 
281 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.885506  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3340  hypothetical protein  43.11 
 
 
280 aa  205  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.018033  normal  0.650212 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2493  hypothetical protein  42.65 
 
 
288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977219  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4636  hypothetical protein  44.94 
 
 
275 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52910  hypothetical protein  44.36 
 
 
275 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3796  hypothetical protein  44.44 
 
 
285 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0990795  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4177  hypothetical protein  40.96 
 
 
282 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1332  hypothetical protein  40.96 
 
 
283 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229621 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0908  hypothetical protein  39.86 
 
 
284 aa  177  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.786085  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1047  hypothetical protein  46.33 
 
 
286 aa  175  8e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0113601  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4636  hypothetical protein  43.13 
 
 
280 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0221  hypothetical protein  33.59 
 
 
287 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00410  conserved hypothetical protein  29.22 
 
 
334 aa  107  3e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05191  conserved hypothetical protein  28.86 
 
 
376 aa  106  5e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.978739  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0819  hypothetical protein  31.51 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0194  hypothetical protein  30.98 
 
 
274 aa  97.4  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59049  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_11129  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 
379 aa  75.9  0.0000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.561618  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58974  predicted protein  26.87 
 
 
296 aa  75.5  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.722044  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4070  dehydratase  38.82 
 
 
147 aa  44.3  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.353484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>