242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3207 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3207  phosphoglycerate mutase  100 
 
 		 251 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3706  Phosphoglycerate mutase  90.44 
 
 		 251 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.175906  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2263  phosphoglycerate mutase  90.12 
 
 		 253 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.704103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3479  phosphoglycerate mutase  73.98 
 
 		 262 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5099  putative phosphoglycerate mutase family protein  69 
 
 		 235 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0187  Phosphoglycerate mutase  55.09 
 
 		 229 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460351  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3653  phosphoglycerate mutase  53.36 
 
 		 249 aa  215  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00889427  normal  0.0152076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0669  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  40.59 
 
 		 212 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299745  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0433  phosphoglycerate mutase  39.32 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1834  Phosphoglycerate mutase  36.27 
 
 		 221 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.960984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1185  Phosphoglycerate mutase  37.19 
 
 		 191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0454  phosphoglycerate mutase  35.18 
 
 		 193 aa  107  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.079929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2487  phosphoglycerate mutase  36 
 
 		 203 aa  102  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118155  normal  0.0901499 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1895  phosphoglycerate mutase  36.63 
 
 		 186 aa  99.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0480  phosphoglycerate mutase  32.66 
 
 		 192 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393842  normal  0.153486 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2256  phosphoglycerate mutase  31.16 
 
 		 192 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00135316  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0603  hypothetical protein  31.16 
 
 		 192 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  29.87 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000059372  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  27.96 
 
 		 208 aa  75.1  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  32.11 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  29.77 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0904  phosphoglycerate mutase  29.85 
 
 		 190 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0100  phosphoglycerate mutase  30.39 
 
 		 191 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1503  Phosphoglycerate mutase  30.16 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  29.7 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0290  phosphoglycerate mutase  33.02 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.438239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3764  Phosphoglycerate mutase  29.47 
 
 		 196 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0245  phosphoglycerate mutase  32.21 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.044549 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2980  hypothetical protein  30.65 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2273  Phosphoglycerate mutase  33.88 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1461  phosphoglycerate mutase  30.95 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0045  phosphoglycerate mutase  31.37 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.192648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0816  phosphoglycerate mutase  30.23 
 
 		 212 aa  62  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  25.43 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  25.67 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0711  phosphoglycerate mutase  27.44 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1238  phosphoglycerate mutase  30.88 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  31.19 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1105  phosphoglycerate mutase  29.95 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1975  Phosphoglycerate mutase  35.45 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00690294  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0514  phosphoglycerate mutase  34.07 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1855  phosphoglycerate mutase  28.04 
 
 		 209 aa  58.5  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.54332  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3949  Phosphoglycerate mutase  32.69 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00773926  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  30.91 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0074  Phosphoglycerate mutase  30.11 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.107325  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  37.93 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  27.52 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  37.93 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3598  phosphoglycerate mutase  30.92 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.593139  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3445  phosphoglycerate mutase  32.76 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0141958 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2250  Phosphoglycerate mutase  24.18 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.408643 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2034  phosphatase PhoE  31.36 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1716  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  31.71 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.507425  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2470  phosphoglycerate mutase  31.16 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3632  phosphoglycerate mutase  27.67 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0727435  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3275  phosphatase PhoE  31.36 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0090  phosphoglycerate mutase  26.95 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  27.52 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  29.1 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  27.43 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1599  phosphoglycerate mutase  27.52 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  24.6 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0972  Phosphoglycerate mutase  27.96 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  29.34 
 
 		 402 aa  55.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  32.17 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3153  alpha-ribazole phosphatase  27.75 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000015335  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  27.52 
 
 		 188 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  31.71 
 
 		 190 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3383  phosphoglycerate mutase  29.52 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3811  alpha-ribazole phosphatase  29.8 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0968  Phosphoglycerate mutase  29.67 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.667484  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1152  phosphoglycerate mutase 1 family  30.43 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3355  phosphoglycerate mutase  33.63 
 
 		 412 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1555  Phosphoglycerate mutase  28.98 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1249  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  31.03 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.29402  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1597  Phosphoglycerate mutase  27.22 
 
 		 206 aa  53.9  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0398  Phosphoglycerate mutase  27.61 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.95004  normal  0.481126 
 
 
-
 
NC_002936  DET0659  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  25.56 
 
 		 200 aa  53.1  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0693  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  25.56 
 
 		 200 aa  53.1  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7259  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  29.05 
 
 		 210 aa  53.1  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000614124  normal  0.6022 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0580  Phosphoglycerate mutase  29.94 
 
 		 221 aa  53.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3895  alpha-ribazole phosphatase  29.8 
 
 		 198 aa  52.8  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0234787 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3460  Phosphoglycerate mutase  34.19 
 
 		 363 aa  53.1  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4185  phosphoglycerate mutase  24.52 
 
 		 200 aa  52.8  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1894  phosphatase PhoE  29.66 
 
 		 203 aa  52.4  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00837019  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1508  Phosphoglycerate mutase  26.82 
 
 		 459 aa  52.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.980913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2741  phosphoglycerate mutase/fructose-2,6-bisphosphatase  29.59 
 
 		 213 aa  52  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.195547  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0469  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  24.74 
 
 		 201 aa  52.4  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0008  phosphoglycerate mutase  31.47 
 
 		 241 aa  52  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2203  alpha-ribazole phosphatase  29.68 
 
 		 192 aa  52  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0925085 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4486  Phosphoglycerate mutase  27.1 
 
 		 174 aa  52  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0491254 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_597  phosphoglycerate mutase family  25.56 
 
 		 200 aa  51.6  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000681703  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1453  Phosphoglycerate mutase  31.78 
 
 		 190 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2083  Phosphoglycerate mutase  28.21 
 
 		 412 aa  51.6  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.244664  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4091  phosphoglycerate mutase  30 
 
 		 227 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2817  phosphoglycerate mutase  29.09 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00859935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  28.07 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  29.47 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4233  phosphoglycerate mutase  29.94 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555446  normal  0.270297 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47660  hypothetical protein  27.5 
 
 		 194 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0822377  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>