More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3063 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3063  pantoate--beta-alanine ligase  100 
 
 		 283 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.217741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3564  pantoate--beta-alanine ligase  84.1 
 
 		 283 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.358639  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2388  pantoate--beta-alanine ligase  89.75 
 
 		 283 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0472601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2423  pantoate--beta-alanine ligase  73.5 
 
 		 283 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3332  pantoate--beta-alanine ligase  72.79 
 
 		 311 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.475559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4783  pantoate--beta-alanine ligase  72.08 
 
 		 283 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1702  pantoate--beta-alanine ligase  69.53 
 
 		 283 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.238045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0084  pantoate--beta-alanine ligase  58.27 
 
 		 287 aa  328  7e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.458072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4542  pantoate--beta-alanine ligase  58.04 
 
 		 285 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1321  pantoate--beta-alanine ligase  54.61 
 
 		 284 aa  302  4.0000000000000003e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2791  pantoate--beta-alanine ligase  56.63 
 
 		 288 aa  288  6e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363963 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3320  pantothenate synthetase  52.52 
 
 		 290 aa  279  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2240  pantoate--beta-alanine ligase  53.09 
 
 		 285 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.496301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3149  pantoate--beta-alanine ligase  53.33 
 
 		 290 aa  263  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0927091 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2196  pantoate--beta-alanine ligase  53.09 
 
 		 285 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.941779  normal  0.927137 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2515  pantoate--beta-alanine ligase  52.73 
 
 		 285 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2788  pantothenate synthetase  51.77 
 
 		 282 aa  259  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1014  pantoate--beta-alanine ligase  51.46 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4085  pantoate--beta-alanine ligase  53.82 
 
 		 282 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0133419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3003  pantoate--beta-alanine ligase  51.79 
 
 		 279 aa  249  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0849834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1396  pantoate--beta-alanine ligase  50.88 
 
 		 288 aa  248  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262573  normal  0.119045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3319  pantoate--beta-alanine ligase  50.72 
 
 		 286 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1721  pantothenate synthetase  50.54 
 
 		 288 aa  246  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.308068  normal  0.216295 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0960  pantoate--beta-alanine ligase  47.64 
 
 		 283 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0827  pantoate--beta-alanine ligase  48.36 
 
 		 283 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353148 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3469  pantoate/beta-alanine ligase  46.07 
 
 		 283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0126  pantoate--beta-alanine ligase  46.07 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0137  pantoate--beta-alanine ligase  46.07 
 
 		 283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0142  pantoate--beta-alanine ligase  46.07 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0136  pantoate--beta-alanine ligase  46.07 
 
 		 283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0144  pantoate--beta-alanine ligase  46.43 
 
 		 283 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00132  pantoate-beta-alanine ligase  45.71 
 
 		 283 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00131  hypothetical protein  45.71 
 
 		 283 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3526  pantoate--beta-alanine ligase  45.71 
 
 		 283 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2952  pantothenate synthase  46.4 
 
 		 281 aa  240  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.215567  normal  0.0184604 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0231  pantoate--beta-alanine ligase  42.5 
 
 		 285 aa  240  2e-62  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2560  pantoate--beta-alanine ligase  49.28 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4487  pantoate/beta-alanine ligase  49.65 
 
 		 287 aa  240  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3066  pantothenate synthetase  49.08 
 
 		 283 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0555  pantoate--beta-alanine ligase  51.08 
 
 		 278 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0197  pantoate--beta-alanine ligase  43.93 
 
 		 284 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.742862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3992  pantoate--beta-alanine ligase  45.36 
 
 		 284 aa  237  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0666  pantoate--beta-alanine ligase  48.19 
 
 		 282 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.232247  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0198  pantoate--beta-alanine ligase  48.73 
 
 		 281 aa  237  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.795684  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0213  pantoate--beta-alanine ligase  43.93 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0198  pantoate--beta-alanine ligase  43.93 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.518661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3281  pantoate--beta-alanine ligase  43.17 
 
 		 284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3473  pantoate--beta-alanine ligase  45 
 
 		 284 aa  235  6e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.623251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3344  pantoate--beta-alanine ligase  45 
 
 		 284 aa  235  6e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000501191  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4700  pantoate--beta-alanine ligase  46.18 
 
 		 287 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.497355  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4565  pantoate--beta-alanine ligase  46.55 
 
 		 287 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650903 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0174  pantoate--beta-alanine ligase  48.36 
 
 		 281 aa  234  9e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0155  pantoate--beta-alanine ligase  43.73 
 
 		 282 aa  234  9e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243441  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1012  pantoate--beta-alanine ligase  44.64 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0272809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2251  pantoate--beta-alanine ligase  48.23 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0215  pantoate--beta-alanine ligase  43.57 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0414083  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3593  pantoate--beta-alanine ligase  47.65 
 
 		 285 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4699  pantoate--beta-alanine ligase  46.55 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.021644  hitchhiker  0.00466856 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1027  pantoate--beta-alanine ligase  49.22 
 
 		 284 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00509721  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0201  pantoate--beta-alanine ligase  43.57 
 
 		 284 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.17692  normal  0.688359 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1159  pantoate--beta-alanine ligase  46.32 
 
 		 284 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0480021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0565  pantothenate synthetase  48.72 
 
 		 286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.194299  hitchhiker  0.0000000964689 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2315  pantoate--beta-alanine ligase  46.79 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3175  pantoate--beta-alanine ligase  46.62 
 
 		 281 aa  232  5e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42720  pantoate--beta-alanine ligase  45.74 
 
 		 283 aa  232  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.321932  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0161  pantoate--beta-alanine ligase  45.99 
 
 		 281 aa  232  6e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.253183  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4812  pantoate--beta-alanine ligase  46.18 
 
 		 286 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.257734  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0733  pantoate--beta-alanine ligase  45.85 
 
 		 287 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.536898  hitchhiker  0.0000595497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3932  pantoate--beta-alanine ligase  46.35 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3119  pantoate--beta-alanine ligase  45.96 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.620137  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4313  pantoate--beta-alanine ligase  45 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03451  pantoate--beta-alanine ligase  46.91 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1789  pantoate--beta-alanine ligase  44.84 
 
 		 281 aa  229  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002560  pantoate--beta-alanine ligase  47.27 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0122  pantoate--beta-alanine ligase  47.79 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0223415  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1980  pantoate--beta-alanine ligase  42.86 
 
 		 282 aa  229  4e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2824  pantoate--beta-alanine ligase  46.32 
 
 		 284 aa  228  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0816624  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1518  pantoate--beta-alanine ligase  46.93 
 
 		 279 aa  228  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.317394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0102  pantoate--beta-alanine ligase  45.08 
 
 		 282 aa  228  7e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.346263  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1212  pantoate--beta-alanine ligase  47.48 
 
 		 283 aa  228  8e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0119566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00689  pantoate--beta-alanine ligase  46.32 
 
 		 280 aa  228  8e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.591476  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0141  pantothenate synthetase  46.21 
 
 		 283 aa  227  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0728  pantoate--beta-alanine ligase  49.61 
 
 		 277 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.41941  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1524  pantoate--beta-alanine ligase  45.08 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1740  pantoate--beta-alanine ligase  44.6 
 
 		 280 aa  227  2e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4017  pantoate--beta-alanine ligase  44.09 
 
 		 282 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.43915  normal  0.63382 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4743  pantoate--beta-alanine ligase  44.09 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.16561 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0680  pantoate--beta-alanine ligase  42.5 
 
 		 284 aa  226  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.337976  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0126  pantoate--beta-alanine ligase  44.09 
 
 		 287 aa  226  4e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1667  pantoate--beta-alanine ligase  44.6 
 
 		 280 aa  226  4e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0644  pantoate--beta-alanine ligase  47.84 
 
 		 283 aa  224  9e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0901  pantoate--beta-alanine ligase  42.29 
 
 		 281 aa  224  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163902  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1266  pantoate/beta-alanine ligase  45.08 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1525  pantoate-beta-alanine ligase  43.26 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.102611  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2495  pantoate--beta-alanine ligase  48.57 
 
 		 280 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0090  pantoate/beta-alanine ligase  49.42 
 
 		 273 aa  223  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0426  pantoate--beta-alanine ligase  42.81 
 
 		 283 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2387  pantoate--beta-alanine ligase  46.01 
 
 		 283 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0042  pantoate--beta-alanine ligase  44.74 
 
 		 273 aa  223  3e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000112642  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0117  pantoate--beta-alanine ligase  43.73 
 
 		 288 aa  223  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>