More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2719 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2719  senescence marker protein-30 (SMP-30)  100 
 
 
307 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.281224 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2723  senescence marker protein-30 (SMP-30)  81.37 
 
 
307 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.513574  normal  0.176551 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8319  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  69.18 
 
 
306 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5618  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  68.95 
 
 
306 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4136  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  68.52 
 
 
306 aa  441  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0969  gluconolactonase  54.79 
 
 
304 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173261  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0714  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  53.09 
 
 
307 aa  326  3e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.958974 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3985  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  54.93 
 
 
318 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4098  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  54.93 
 
 
318 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52814  normal  0.192978 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4042  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  54.03 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4154  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  54.03 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.83646  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4272  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.32 
 
 
307 aa  318  7e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0244404  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6029  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  52.67 
 
 
309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305339  normal  0.119752 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4704  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.33 
 
 
309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4874  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.67 
 
 
313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5466  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  51.67 
 
 
313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5396  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.67 
 
 
313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.003099 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4613  gluconolactonase  53.14 
 
 
307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4512  gluconolactonase  50.83 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00932463  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2153  gluconolactonase  48.69 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.669846 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00220  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase, putative  38.5 
 
 
594 aa  141  9.999999999999999e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.540783  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.35 
 
 
275 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2498  gluconolactonase  28.84 
 
 
287 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.393695 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6274  gluconolactonase  30.14 
 
 
308 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6025  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.09 
 
 
302 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2118  putative gluconolactonase precursor  29 
 
 
306 aa  100  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0176891  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2848  gluconolactonase  28.57 
 
 
281 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2283  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.06 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3770  gluconolactonase  30.61 
 
 
323 aa  97.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2712  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.22 
 
 
324 aa  97.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.290527  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2769  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.22 
 
 
324 aa  97.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0137124  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0646  gluconolactonase  28.28 
 
 
280 aa  96.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13949 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3982  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.85 
 
 
305 aa  96.7  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0181856  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3465  senescence marker protein-30 (SMP-30)  29.25 
 
 
309 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.391955  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4144  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.59 
 
 
309 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1903  gluconolactonase precursor  29.25 
 
 
309 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4886  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.94 
 
 
303 aa  92.8  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.889776  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0871  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.95 
 
 
296 aa  92.4  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0076  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.78 
 
 
307 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2315  drp35 protein  28.82 
 
 
325 aa  89.7  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2253  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.99 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3570  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.02 
 
 
268 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2454  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.57 
 
 
305 aa  87.8  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0662478 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3148  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.7 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.298664 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.76 
 
 
581 aa  88.2  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.021246  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2728  gluconolactonase  30.31 
 
 
339 aa  87  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3295  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.39 
 
 
579 aa  85.9  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.760414  normal  0.654458 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04622  gluconolactonase  31.1 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5570  Gluconolactonase  28.83 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2953  gluconolactonase  29.1 
 
 
297 aa  81.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.164702 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0864  gluconolactonase, putative  27.24 
 
 
286 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.97906  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3389  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.69 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3940  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.57 
 
 
295 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5316  gluconolactonase  28.14 
 
 
303 aa  79.3  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1217  strictosidine synthase  29.85 
 
 
337 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.908718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1234  strictosidine synthase  29.85 
 
 
337 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.36412  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2832  gluconolactonase  27.24 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0231  Gluconolactonase  25.48 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.381045 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  28.35 
 
 
296 aa  78.2  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1244  strictosidine synthase  29.35 
 
 
337 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.205985  normal  0.761623 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1111  gluconolactonase  27.94 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0894988 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3913  gluconolactonase  27.31 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.201835  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2596  gluconolactonase  26.07 
 
 
357 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.260524  normal  0.0898452 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3681  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.13 
 
 
299 aa  75.9  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2591  gluconolactonase  26.97 
 
 
315 aa  75.1  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0257  gluconolactonase  26.69 
 
 
350 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5734  Gluconolactonase  26.85 
 
 
304 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402345  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1999  gluconolactonase  26.16 
 
 
352 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.799768  normal  0.270906 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0852  gluconolactonase  29.21 
 
 
299 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.326327 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0633  gluconolactonase  27.5 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.255721  normal  0.17979 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3486  Gluconolactonase  28.57 
 
 
303 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.656299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2122  gluconolactonase  29.17 
 
 
332 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.282778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0588  Gluconolactonase  25.9 
 
 
323 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0609  gluconolactonase  28.73 
 
 
312 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13512  normal  0.0512442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0705  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.83 
 
 
368 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0623  Gluconolactonase  26.69 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.515505  normal  0.235639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5439  gluconolactonase  27.64 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.1076  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2860  strictosidine synthase  29.05 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0570  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.86 
 
 
334 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.910733  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5077  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.13 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167981  normal  0.316828 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4647  Gluconolactonase  25.76 
 
 
304 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0906  gluconolactonase  27.07 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4631  Gluconolactonase  25.94 
 
 
302 aa  70.1  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0459934 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.03 
 
 
574 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05371  putative gluconolactonase precursor (D-glucono-DELTA-lactone lactonohydrolase) protein  27.02 
 
 
353 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  27.53 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2140  gluconolactonase  24 
 
 
296 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.977178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.67 
 
 
293 aa  69.7  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5723  gluconolactonase precursor  26.54 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3932  gluconolactonase  27.74 
 
 
286 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.1586  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0305  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  24.32 
 
 
319 aa  68.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0658  gluconolactonase  26.15 
 
 
307 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4750  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.66 
 
 
306 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.143431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  24.75 
 
 
407 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.321565  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.16 
 
 
292 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47490  hypothetical protein  28.17 
 
 
353 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.04 
 
 
302 aa  67  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3203  Gluconolactonase  29.31 
 
 
342 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000499471  normal  0.0664267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0611  gluconolactonase  26.72 
 
 
312 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.149375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0508  strictosidine synthase  29.47 
 
 
363 aa  66.6  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>