255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3465 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3465  senescence marker protein-30 (SMP-30)  100 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.391955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1903  gluconolactonase precursor  95.79 
 
 		 309 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4144  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  92.88 
 
 		 309 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6274  gluconolactonase  80.91 
 
 		 308 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3148  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  54.15 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.298664 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2454  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  52.26 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662478 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2253  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  50.16 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2283  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  52.77 
 
 		 317 aa  308  6.999999999999999e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3770  gluconolactonase  49.17 
 
 		 323 aa  289  4e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2118  putative gluconolactonase precursor  50.97 
 
 		 306 aa  287  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0176891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3389  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  49.67 
 
 		 303 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0864  gluconolactonase, putative  44.88 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.97906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2719  senescence marker protein-30 (SMP-30)  29.25 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.281224 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4136  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.83 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8319  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.81 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0714  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.76 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.958974 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2723  senescence marker protein-30 (SMP-30)  29.15 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.513574  normal  0.176551 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.18 
 
 		 275 aa  92  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0570  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.21 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.910733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4042  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.59 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3985  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.49 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4154  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.59 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.83646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4098  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.49 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52814  normal  0.192978 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2741  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.45 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.883174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5618  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.81 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3982  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.12 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0181856  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2153  gluconolactonase  28.19 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.669846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4272  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.48 
 
 		 307 aa  86.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0244404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4886  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.37 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.889776  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5466  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  27.99 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5396  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.99 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.003099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4512  gluconolactonase  27.81 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00932463  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1102  gluconolactonase, putative  41.98 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04622  gluconolactonase  25.73 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6029  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.99 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305339  normal  0.119752 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4613  gluconolactonase  27.57 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183684  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4704  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.3 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4874  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.3 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0076  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  23.55 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0622  gluconolactonase  26.67 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.347955  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2498  gluconolactonase  27.3 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393695 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0871  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.75 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0573  gluconolactonase  26.67 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0969  gluconolactonase  26.55 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0646  gluconolactonase  25.61 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.13949 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.8 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2235  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.578291  normal  0.613312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2953  gluconolactonase  26.79 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.164702 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  26.71 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3774  Gluconolactonase  26.42 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3486  Gluconolactonase  24.41 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656299 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2848  gluconolactonase  28.15 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2728  gluconolactonase  26.13 
 
 		 339 aa  72  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2470  senescence marker protein-30 family protein  24.19 
 
 		 363 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.183439  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.99 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3940  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  22.97 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.15 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1059  Gluconolactonase  24.2 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.755366  normal  0.0949002 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3913  gluconolactonase  23.33 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.201835  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  28.64 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5570  Gluconolactonase  23.88 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4631  Gluconolactonase  22.92 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0459934 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2596  gluconolactonase  24.08 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.05 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.57 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2426  Gluconolactonase  26.3 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.151955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4803  gluconolactonase  24.33 
 
 		 533 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.23 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.32 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.32 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0623  Gluconolactonase  24.91 
 
 		 328 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.515505  normal  0.235639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  30.13 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.47 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2832  gluconolactonase  25 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5316  gluconolactonase  23.21 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  29.58 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9336  Gluconolactonase  22 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1999  gluconolactonase  23.79 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.799768  normal  0.270906 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  36.64 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2122  gluconolactonase  24.5 
 
 		 332 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.282778 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.63 
 
 		 293 aa  62.4  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2315  drp35 protein  24.71 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3295  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25 
 
 		 579 aa  60.8  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.760414  normal  0.654458 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1111  gluconolactonase  22.48 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0894988 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0612  gluconolactonase  24.48 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0588  Gluconolactonase  24.47 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3570  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.27 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0257  gluconolactonase  26.24 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  30.87 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.46 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3203  Gluconolactonase  28.71 
 
 		 342 aa  59.7  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000499471  normal  0.0664267 
 
 
-
 
NC_003296  RS05371  putative gluconolactonase precursor (D-glucono-DELTA-lactone lactonohydrolase) protein  22.9 
 
 		 353 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1345  gluconolactonase  23.68 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5734  Gluconolactonase  22.95 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2803  gluconolactonase  23.25 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.19 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6418  Gluconolactonase  24.48 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.632386  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5161  gluconolactonase  23.67 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.288477  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2929  gluconolactonase  26.42 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.775467 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1935  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>