261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2953 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2953  gluconolactonase  100 
 
 
297 aa  604  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.164702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3982  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  43 
 
 
305 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0181856  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0871  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.34 
 
 
296 aa  242  6e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3940  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  42.59 
 
 
295 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4886  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.78 
 
 
303 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.889776  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04622  gluconolactonase  44.75 
 
 
292 aa  216  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4272  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.06 
 
 
307 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0244404  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0969  gluconolactonase  27.14 
 
 
304 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173261  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2719  senescence marker protein-30 (SMP-30)  29.1 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.281224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2283  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.37 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492267 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3295  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.1 
 
 
579 aa  80.9  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.760414  normal  0.654458 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.39 
 
 
275 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2253  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.83 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5466  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  28.52 
 
 
313 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5396  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.52 
 
 
313 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.003099 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4154  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.03 
 
 
298 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.83646  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4874  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.52 
 
 
313 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4136  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.83 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4042  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.03 
 
 
298 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5618  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.47 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8319  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.09 
 
 
306 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4144  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.43 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4704  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.52 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0623  Gluconolactonase  31.11 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.515505  normal  0.235639 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6029  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.12 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305339  normal  0.119752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3770  gluconolactonase  27.86 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.85 
 
 
581 aa  76.6  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.021246  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4512  gluconolactonase  28.98 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00932463  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3465  senescence marker protein-30 (SMP-30)  26.79 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.391955  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0864  gluconolactonase, putative  30.65 
 
 
286 aa  73.9  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.97906  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5570  Gluconolactonase  32.04 
 
 
334 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1903  gluconolactonase precursor  26.43 
 
 
309 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0612  gluconolactonase  27.62 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110443 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2235  twin-arginine translocation pathway signal  30.6 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.578291  normal  0.613312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6274  gluconolactonase  28.4 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.5 
 
 
302 aa  72  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  35.25 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2470  senescence marker protein-30 family protein  30.05 
 
 
363 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.183439  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3985  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.68 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2153  gluconolactonase  26.71 
 
 
323 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.669846 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4098  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.68 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52814  normal  0.192978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2723  senescence marker protein-30 (SMP-30)  26.45 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.513574  normal  0.176551 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3148  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.32 
 
 
303 aa  68.9  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.298664 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.88 
 
 
296 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.91 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.91 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0714  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.47 
 
 
307 aa  67  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.958974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6025  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  23.53 
 
 
302 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.71 
 
 
311 aa  65.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1111  gluconolactonase  26.91 
 
 
324 aa  65.9  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0894988 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0570  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.8 
 
 
334 aa  65.9  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.910733  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.45 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.58 
 
 
292 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4613  gluconolactonase  28.44 
 
 
307 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183684  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  28.64 
 
 
283 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.82 
 
 
280 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.36 
 
 
293 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.12 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1567  senescence marker protein-30 (SMP-30)  28.21 
 
 
294 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.382911  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0588  Gluconolactonase  28.33 
 
 
323 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4785  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.52 
 
 
312 aa  63.9  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.0048727  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2803  gluconolactonase  28.19 
 
 
372 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  30.06 
 
 
297 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9336  Gluconolactonase  26.51 
 
 
299 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  35.45 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2519  Gluconolactonase  23.89 
 
 
545 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0256346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  26.14 
 
 
291 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0231  Gluconolactonase  29.79 
 
 
325 aa  63.2  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.381045 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  29.02 
 
 
308 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5696  calcium-binding protein  31.51 
 
 
249 aa  62.4  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2848  gluconolactonase  24.62 
 
 
281 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0076  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  23.44 
 
 
307 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  32.03 
 
 
309 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6221  gluconolactonase  25.68 
 
 
314 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162368  normal  0.0196248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  31.85 
 
 
291 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.8 
 
 
293 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4750  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  23.29 
 
 
306 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.143431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2832  gluconolactonase  29.57 
 
 
322 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.52 
 
 
299 aa  60.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  25.83 
 
 
294 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2454  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  24.83 
 
 
305 aa  60.1  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0662478 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.07 
 
 
309 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3928  Gluconolactonase  23.38 
 
 
351 aa  60.1  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.617042  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4321  gluconolactonase  25.84 
 
 
304 aa  59.7  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2426  Gluconolactonase  25.52 
 
 
318 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.151955  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2130  Smp-30/Cgr1 family protein, putative  25.68 
 
 
395 aa  59.3  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.111532  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  28.49 
 
 
294 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.41 
 
 
302 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.56 
 
 
312 aa  59.3  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  25.68 
 
 
395 aa  59.3  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  28.73 
 
 
294 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0625  gluconolactonase  31.34 
 
 
340 aa  58.9  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.41477 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1696  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.91 
 
 
346 aa  58.9  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.263478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6492  gluconolactonase  32.1 
 
 
362 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2498  gluconolactonase  25 
 
 
287 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.393695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.06 
 
 
292 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  33.64 
 
 
546 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0257  gluconolactonase  27.08 
 
 
350 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.05 
 
 
296 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3389  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.28 
 
 
303 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>