62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2708 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2708  Outer membrane autotransporter barrel  100 
 
 		 678 aa  1344    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3087  Outer membrane autotransporter barrel  41.33 
 
 		 2407 aa  258  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2974  Outer membrane autotransporter barrel  39.29 
 
 		 814 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5268  putative outer membrane autotransporter barrel  39.8 
 
 		 1078 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362559 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4066  outer membrane autotransporter barrel domain protein  40.32 
 
 		 1081 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2512  Outer membrane autotransporter barrel  38.46 
 
 		 1019 aa  233  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.150059 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1975  Outer membrane autotransporter  38.13 
 
 		 1111 aa  230  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3411  Outer membrane autotransporter barrel  37.38 
 
 		 1130 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3958  putative outer membrane autotransporter barrel precursor  38.54 
 
 		 907 aa  227  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7237  putative outer membrane autotransporter barrel precursor  37.91 
 
 		 882 aa  223  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4300  Outer membrane autotransporter barrel  37.98 
 
 		 987 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2173  Outer membrane autotransporter barrel  34.73 
 
 		 1180 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.193519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  35.52 
 
 		 1177 aa  195  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3142  hypothetical protein  53.78 
 
 		 412 aa  189  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.611443  normal  0.885698 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1881  outer membrane autotransporter barrel domain protein  35.02 
 
 		 1532 aa  174  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05680  hypothetical protein  47.98 
 
 		 374 aa  152  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.319734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3132  hypothetical protein  40.74 
 
 		 739 aa  123  9e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1491  hypothetical protein  38.12 
 
 		 1183 aa  115  3e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.142763 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6489  hypothetical protein  42.86 
 
 		 631 aa  111  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0198  periplasmic copper-binding  37.29 
 
 		 810 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.212278  normal  0.0186793 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0311  hypothetical protein  35.42 
 
 		 410 aa  107  6e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1881  Ig-like, group 2  35.94 
 
 		 526 aa  103  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.132497  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6600  hypothetical protein  34.76 
 
 		 398 aa  100  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2850  hypothetical protein  33.91 
 
 		 258 aa  97.8  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1018  Ig domain-containing protein  33.62 
 
 		 892 aa  97.8  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1480  hypothetical protein  33.77 
 
 		 1700 aa  96.3  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0232  antifreeze-related protein  33.8 
 
 		 368 aa  92  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420023  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1915  hypothetical protein  31.53 
 
 		 482 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1017  Ig-like, group 2  28.96 
 
 		 486 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2254  hypothetical protein  39.49 
 
 		 663 aa  77.8  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.017887  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0933  outer membrane autotransporter  23.74 
 
 		 4248 aa  77  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1318  hypothetical protein  41.67 
 
 		 648 aa  76.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.181823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1826  outer membrane protein  37.41 
 
 		 190 aa  75.9  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.400541  normal  0.391918 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1914  hypothetical protein  29.2 
 
 		 595 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3437  Outer membrane autotransporter  27.84 
 
 		 1179 aa  69.7  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0360967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0892  autotransporter, putative  27.78 
 
 		 1016 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2017  Outer membrane autotransporter barrel  25.61 
 
 		 1156 aa  60.8  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0480  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.63 
 
 		 1029 aa  60.1  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2586  Outer membrane autotransporter barrel  27.65 
 
 		 1154 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.501537  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2847  hypothetical protein  30.2 
 
 		 448 aa  54.7  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00493413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0449  Outer membrane autotransporter barrel  23.31 
 
 		 816 aa  54.3  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3162  putative hemagglutinin-related protein  25.4 
 
 		 1012 aa  53.1  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1306  outer membrane autotransporter barrel domain protein  23.6 
 
 		 1489 aa  52.4  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1203  outer membrane autotransporter  22.75 
 
 		 1769 aa  52  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5186  outer membrane autotransporter  30.07 
 
 		 1056 aa  51.2  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2325  outer membrane autotransporter  24.26 
 
 		 1782 aa  50.8  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0522858  hitchhiker  0.00737544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  23.64 
 
 		 1001 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1774  serine protease  27.61 
 
 		 1508 aa  50.4  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.903556  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2147  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.11 
 
 		 1134 aa  49.7  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6533  Outer membrane autotransporter barrel  28.08 
 
 		 3822 aa  46.2  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6767  outer membrane autotransporter  28.08 
 
 		 4238 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  22.71 
 
 		 1028 aa  45.8  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  29.41 
 
 		 1004 aa  46.2  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2483  hypothetical protein  29.48 
 
 		 656 aa  46.6  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4267  outer membrane autotransporter  24.73 
 
 		 939 aa  45.4  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3587  outer membrane autotransporter  23.29 
 
 		 1011 aa  45.8  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.334084  normal  0.0742158 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6355  outer membrane autotransporter  27.59 
 
 		 4238 aa  45.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.51084 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3607  outer membrane autotransporter  28.5 
 
 		 1333 aa  45.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0453  outer membrane autotransporter  25.41 
 
 		 959 aa  44.3  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1298  hypothetical protein  29.34 
 
 		 651 aa  44.3  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.910785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  27.47 
 
 		 1033 aa  44.3  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  22.55 
 
 		 1001 aa  44.3  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>