More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2017 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2147  outer membrane autotransporter barrel domain protein  78.04 
 
 
1134 aa  1789    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3437  Outer membrane autotransporter  75.26 
 
 
1179 aa  1664    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0360967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2586  Outer membrane autotransporter barrel  78.41 
 
 
1154 aa  1802    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.501537  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2017  Outer membrane autotransporter barrel  100 
 
 
1156 aa  2303    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2102  outer membrane autotransporter  25.79 
 
 
1006 aa  183  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  25.94 
 
 
1055 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  26.23 
 
 
1038 aa  181  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4232  beta strand repeat-containing protein  32.42 
 
 
1446 aa  174  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.819177  normal  0.109622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2683  Outer membrane autotransporter barrel  24.95 
 
 
983 aa  163  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.525643  hitchhiker  0.000404465 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6125  beta strand repeat-containing protein  30.26 
 
 
1325 aa  163  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  25.56 
 
 
1001 aa  160  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  24.88 
 
 
1001 aa  158  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  24.89 
 
 
1028 aa  154  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  25.05 
 
 
1004 aa  154  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  25.13 
 
 
1033 aa  152  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4538  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.72 
 
 
710 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2701  outer membrane autotransporter barrel domain protein  22.37 
 
 
906 aa  139  4e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000419199  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2063  autotransporter beta-domain-containing protein  25.79 
 
 
954 aa  138  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.217829  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.04 
 
 
1125 aa  131  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1611  putative serine protease  24.29 
 
 
991 aa  131  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18630  putative serine protease  24.25 
 
 
995 aa  127  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.169589 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0308  beta strand repeat-containing protein  28.72 
 
 
970 aa  119  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000319801  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0340  serine protease  28.55 
 
 
949 aa  115  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.000000485293  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2954  autotransporter-associated beta strand repeat protein  27.02 
 
 
947 aa  113  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154236  hitchhiker  0.00450699 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01745  serine protease  33.19 
 
 
942 aa  113  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0234  serine protease  27.94 
 
 
998 aa  113  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.249897  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0206  beta strand repeat-containing protein  28.84 
 
 
970 aa  112  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24360  hypothetical protein  29.32 
 
 
974 aa  110  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.861832  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1114  serine protease  26.43 
 
 
965 aa  108  5e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0955353  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4035  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Dut  32.6 
 
 
994 aa  108  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.565458 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1004  beta strand repeat-containing protein  24.31 
 
 
909 aa  107  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0245  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.3 
 
 
882 aa  104  8e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.983074  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0273  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.57 
 
 
754 aa  104  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.424626 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0135  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29.56 
 
 
910 aa  100  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  25.63 
 
 
1177 aa  99.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0256  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.65 
 
 
868 aa  99  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0488  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.06 
 
 
577 aa  98.2  9e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.718847  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0357  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.27 
 
 
577 aa  94.4  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0234  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.94 
 
 
852 aa  93.2  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1099  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  28 
 
 
495 aa  92.8  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0536343  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1082  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29 
 
 
915 aa  92.4  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0365  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.97 
 
 
487 aa  90.9  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1928  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.25 
 
 
452 aa  90.5  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1417  serine protease  28.78 
 
 
1175 aa  90.1  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5268  putative outer membrane autotransporter barrel  26.08 
 
 
1078 aa  87.4  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.362559 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0364  subtilisin-like serine protease-like  30.06 
 
 
692 aa  87.4  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75506  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2188  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.97 
 
 
415 aa  87.4  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.180724  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0552  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.71 
 
 
490 aa  86.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00703  serine protease  34.39 
 
 
911 aa  85.9  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.585891  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1837  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.27 
 
 
770 aa  85.1  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00570496  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3729  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.52 
 
 
913 aa  85.5  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1185  subtilisin-like serine protease-like  26.46 
 
 
891 aa  84.3  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2600  subtilisin-like serine protease-like  29.33 
 
 
1315 aa  82.8  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0639979  normal  0.124831 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0787  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.77 
 
 
612 aa  82.4  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5739  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  27.56 
 
 
298 aa  81.6  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.750481  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2277  outer membrane autotransporter  28.28 
 
 
980 aa  80.9  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3593  subtilisin Carlsberg  27.56 
 
 
298 aa  81.3  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.940861  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2081  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.84 
 
 
848 aa  80.5  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1062  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.14 
 
 
710 aa  79.7  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000196875  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17620  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.72 
 
 
595 aa  79.7  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2354  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.55 
 
 
453 aa  79.7  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1371  serine protease  27.51 
 
 
1121 aa  79.7  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2458  outer membrane autotransporter  24.17 
 
 
1369 aa  79.7  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00908706  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1805  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.77 
 
 
396 aa  79.3  0.0000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0411901  normal  0.0459712 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0931  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.73 
 
 
500 aa  79  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143808  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4226  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.4 
 
 
1454 aa  78.6  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.542738  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2056  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.42 
 
 
392 aa  78.6  0.0000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.317337  normal  0.564481 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4060  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.46 
 
 
627 aa  77.4  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0156752  normal  0.194218 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2318  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  28.49 
 
 
771 aa  77.4  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.848662  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1068  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.74 
 
 
682 aa  77  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3306  intracellular serine protease  28.75 
 
 
315 aa  76.3  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151465 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.87 
 
 
926 aa  76.6  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0678  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.7 
 
 
510 aa  76.3  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0623565  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0223  FHA domain-containing protein  28.41 
 
 
513 aa  76.3  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.443938 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1827  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.63 
 
 
1054 aa  76.3  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.426628  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0527  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.17 
 
 
688 aa  75.9  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.841411  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.06 
 
 
797 aa  75.9  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2173  Outer membrane autotransporter barrel  27.69 
 
 
1180 aa  75.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.193519  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0162  subtilisin-like serine proteases-like  25.47 
 
 
576 aa  75.5  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.107211  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5200  autotransporter, putative  24.4 
 
 
986 aa  75.5  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1829  intracellular serine protease  28.43 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05170  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.14 
 
 
653 aa  75.5  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1295  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.74 
 
 
639 aa  75.1  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4066  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.74 
 
 
1081 aa  75.1  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1859  intracellular serine protease  28.43 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.749891  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1813  intracellular serine protease  28.43 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1864  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.12 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2001  intracellular serine protease  28.43 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2078  intracellular serine protease  28.12 
 
 
316 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0118694  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0298  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  24.25 
 
 
320 aa  73.6  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2003  intracellular serine protease  28.43 
 
 
315 aa  73.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0265  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  24.25 
 
 
320 aa  73.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2035  intracellular serine protease  28.12 
 
 
316 aa  72.8  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2923000000000002e-27 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3532  outer membrane autotransporter  30.36 
 
 
1152 aa  72.4  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5186  outer membrane autotransporter  25.06 
 
 
1056 aa  72.4  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5353  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.21 
 
 
490 aa  72.8  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0488  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.37 
 
 
774 aa  72.4  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.510592  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0291  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  24.25 
 
 
320 aa  72  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01120  Kex protein, putative  27.81 
 
 
917 aa  71.6  0.00000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0397465  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1975  Outer membrane autotransporter  26.62 
 
 
1111 aa  71.2  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>