More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1596 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  80.03 
 
 		 602 aa  948    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  100 
 
 		 600 aa  1208    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  81.14 
 
 		 600 aa  988    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  93.83 
 
 		 600 aa  1087    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  79.76 
 
 		 601 aa  931    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  87.63 
 
 		 600 aa  1055    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  75.51 
 
 		 601 aa  895    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  49.48 
 
 		 621 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  43.88 
 
 		 601 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  44 
 
 		 595 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  43.35 
 
 		 596 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  43.65 
 
 		 595 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  43.05 
 
 		 609 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  44.04 
 
 		 601 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  42.73 
 
 		 591 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  42.63 
 
 		 609 aa  487  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  42.46 
 
 		 624 aa  472  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  43.34 
 
 		 588 aa  464  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  39.33 
 
 		 585 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.92 
 
 		 577 aa  386  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  38.1 
 
 		 605 aa  380  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.36 
 
 		 585 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.73 
 
 		 600 aa  369  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  36.56 
 
 		 618 aa  369  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  38.18 
 
 		 627 aa  362  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  37.8 
 
 		 611 aa  353  5e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  39.15 
 
 		 588 aa  352  2e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  36.77 
 
 		 582 aa  351  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  38.73 
 
 		 611 aa  349  7e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  35.42 
 
 		 589 aa  349  7e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.9 
 
 		 587 aa  348  1e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  38.34 
 
 		 611 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.32 
 
 		 580 aa  347  3e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  33.33 
 
 		 571 aa  347  4e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.55 
 
 		 602 aa  347  4e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  33.88 
 
 		 588 aa  345  1e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  38.3 
 
 		 596 aa  344  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0588  ABC transporter related  39.72 
 
 		 579 aa  343  4e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  35.88 
 
 		 611 aa  342  1e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.64 
 
 		 583 aa  342  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  35.5 
 
 		 556 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  35.01 
 
 		 579 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.49 
 
 		 580 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.53 
 
 		 572 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.19 
 
 		 587 aa  331  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  35.03 
 
 		 601 aa  331  3e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.05 
 
 		 587 aa  330  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  35.96 
 
 		 592 aa  329  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  39.01 
 
 		 613 aa  327  3e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.89 
 
 		 581 aa  327  5e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  32.71 
 
 		 593 aa  326  8.000000000000001e-88  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  34.9 
 
 		 610 aa  325  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  34.55 
 
 		 572 aa  324  3e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  35.7 
 
 		 613 aa  324  3e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.89 
 
 		 581 aa  323  6e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.21 
 
 		 586 aa  322  9.999999999999999e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5589  ABC transporter related  39.44 
 
 		 586 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  39.04 
 
 		 579 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  31.79 
 
 		 597 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.32 
 
 		 605 aa  320  5e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2763  transport ATP-binding protein msbA  38.04 
 
 		 590 aa  319  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.714351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.53 
 
 		 574 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.53 
 
 		 574 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.11 
 
 		 585 aa  317  3e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  36.55 
 
 		 612 aa  317  3e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  34.39 
 
 		 566 aa  317  3e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  35.56 
 
 		 608 aa  317  3e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36 
 
 		 582 aa  317  4e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.74 
 
 		 597 aa  317  6e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  34.55 
 
 		 607 aa  315  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.38 
 
 		 582 aa  315  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  32.45 
 
 		 571 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.14 
 
 		 579 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0246  ABC lipid efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  35.32 
 
 		 590 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.25 
 
 		 600 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1889  ABC transporter related  35.32 
 
 		 590 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.19709  normal  0.932579 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  36.3 
 
 		 598 aa  313  5.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  35.14 
 
 		 579 aa  313  6.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1357  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.09 
 
 		 575 aa  312  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.33 
 
 		 582 aa  312  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.33 
 
 		 582 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1198  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.09 
 
 		 575 aa  312  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.35 
 
 		 594 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.33 
 
 		 582 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0823  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.09 
 
 		 596 aa  312  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1045  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.09 
 
 		 596 aa  312  1e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.378722  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0328  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.09 
 
 		 575 aa  312  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1912  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.09 
 
 		 574 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0734969  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1207  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.09 
 
 		 574 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.33 
 
 		 606 aa  311  2e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0115  ABC transporter related  34.04 
 
 		 609 aa  311  2.9999999999999997e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  38.15 
 
 		 598 aa  310  6.999999999999999e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0985  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.73 
 
 		 596 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.426098  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  34.38 
 
 		 608 aa  309  8e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.86 
 
 		 583 aa  309  8e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.12 
 
 		 592 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1782  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.51 
 
 		 588 aa  309  1.0000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2471  ABC transporter related protein  34.64 
 
 		 600 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  35.08 
 
 		 584 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2874  ABC transporter related  37.94 
 
 		 597 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.57438  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>